Existe evidencia de que la actual Andorra estuvo habitada en tiempos neolíticos; pinturas rupestres y restos funerarios revelan que el territorio estuvo poblado por el hombre de la Edad de Piedra. Algunos historiadores sospechan que los habitantes originales del valle de Andorra estaban emparentados con el pueblo vasco del norte de España, y que por tanto el nombre Andorra deriva de la lengua vasca (euskera). El historiador griego Polibio, en el siglo I a.C., en su descripción de las Guerras Púnicas, mencionó a habitantes pre-romanos, incluidas algunas tribus migratorias celtas e ibéricas del sur, junto a una pequeña tribu llamada andosinos (según versiones, ancestros de los andorranos).
Caído el Imperio Romano, Andorra se volvió una puerta de acceso para tribus bárbaras del norte que provenían de las provincias romanas de la Galia y seguían hasta las de Iberia. Varias de esas tribus dejaron huellas de sus travesías por ese paso, incluso los alanos, los visigodos y los vándalos.
Cuando la llegada de los musulmanes –venidos desde el norte de España a través de África– la población de Andorra era predominantemente cristiana, con algunos asentamientos paganos en los lugares más remotos.
Se atribuye al Emperador Carlomagno haber liberado el territorio de la ocupación musulmana en el año 803 d. C., pero el primer documento donde figura el nombre de Andorra es una orden del año 843 que redactó el emperador Carlos II el Calvo, nieto de Carlomagno, en el que cedía los valles de Andorra a Sunifredo, conde de Urgell, de la cercana ciudad española de La Seu d'Urgell. El acta de consagración de la catedral de La Seu, que data de 860, alude por primera vez a esta parroquia de los Pirineos como dominio de los condes del contiguo valle del Segre.
Durante la Edad Media, las luchas internas de los pequeños reinos y la constante invasión de los árabes, obligó a los condes de Urgell a pedir ayuda y pactar alianzas con los condes de Caboet (familia muy poderosa de la zona), para proteger a las parroquias andorranas. En 1159, se firmó un acuerdo consolidando la soberanía del obispo de Urgell sobre Andorra y la donación como feudo del territorio, a la casa de Caboet, determinando el compromiso de compartir el dominio del Principado. Desde entonces, el territorio es administrado por un sistema de coprincipado entre el obispo de Urgell (hoy jurisdicción española) y el jefe de Estado de Francia.
En 1610, el heredero de la casa de Caboet, el conde Enrique de Foixt, fue proclamado rey con el nombre de Enrique IV de Francia y los derechos del Principado pasaron a la Corona francesa. Años más tarde su hijo, Luis XIII, confirmó la soberanía compartida por los dos señores feudales: el obispo de Urgell (español) y el rey de Francia.
La Revolución Francesa (1789), aniquiló a la monarquía en Francia. El Principado quedó huérfano de su cabeza secular, y a merced de la resistencia española, hasta que Napoleón en 1806, a instancias de los andorranos, restableció el Coprincipado. Desde esa fecha, el jefe de Estado, es el «copríncipe», cargo que han ocupado todos los presidentes de la República Francesa.
Con el paso del tiempo, Andorra modificó sus estructuras pero mantuvo su soberanía. En 1866 se promulgó la Nueva Reforma, que configuró el Consejo General (Parlamento) de los Valles. En 1933 se otorgó derecho de voto a los andorranos mayores de 25 años, ya que previamente sólo votaban los cabeza de familia. En 1970 las mujeres obtuvieron el derecho a voto.
En 1982 se creó el primer Gobierno del Principado, que separó Poder Legislativo y Poder Ejecutivo. En 1988 entró en vigor la ley que reconoció la Declaración Universal de los Derechos del Hombre, adoptada por la ONU en 1948.
En 1989 se realizaron las primeras elecciones bajo la nueva constitución. Una mayoría de reformadores moderados liderada por Oscar Ribas Reig llegó al Consejo General de los Valles. Reig ya había gobernado entre 1982 y 1984, y dimitió al no concretar reformas con la rapidez deseada.
El Consejo General, en 1993, aprobó una nueva constitución. El artículo primero define a Andorra como Estado independiente, de derecho, democrático y social, con un régimen político de «coprincipado parlamentario institucionalizado». Siguiendo con la tradición, la figura de los copríncipes como jefes de Estado, de manera conjunta e indivisa en la persona del obispo de Urgell y del presidente de la República Francesa.
Las primeras elecciones legislativas de 1993 reeligieron a Oscar Ribas Reig, quien dimitió ese mismo año al perder el apoyo de las formaciones que secundaban su gabinete. Los desacuerdos surgieron en la elaboración de los presupuestos generales del Estado.
El Gobierno aprobó, en 1997, la Ley de Ordenación Lingüística, cuyo objetivo fue garantizar el uso de la lengua oficial, el catalán, en todos los ámbitos de la vida pública, los medios de comunicación y las actividades culturales y deportivas.
En 2001 se celebraron elecciones parlamentarias. Marc Forné, presidente del Gobierno en funciones y del Partido Liberal (PL), revalidó su mayoría absoluta en el Consejo General.
La OCDE (Organización para la Cooperación Económica y el Desarrollo) incluyó en 2002 a Andorra en una lista de siete paraísos fiscales con prácticas poco transparentes. Esto podría acarrear sanciones al país y la consiguiente merma de las inversiones.
En julio de 2004, el gobierno de Forné se mostró tajantemente en favor de ceder ante la UE y gravar fiscalmente el ahorro de forma gradual, si bien «en condiciones favorables».
En abril de 2005, el PL volvió a ganar las elecciones y Albert Pintat se convirtió en primer ministro.
Ante la posibilidad de que fuera despenalizado el consumo de drogas –un problema creciente en el país–, una encuesta realizada a nivel nacional, a inicios de 2007, reflejó que 71% de la población consideraba la medida empeoraría la situación.