Los primeros habitantes de la actual Botswana fueron probablemente antepasados de los san (también conocidos como bosquimanos), cazadores y recolectores, que hoy habitan las estepas semiáridas de Botswana sudoccidental; y de los khoikhoi, provenientes del norte. Tribus de lengua bantú llegaron a la región en el primer siglo a.C. Los antepasados de los tswana, (hoy nación mayoritaria), se instalaron entre los siglos XI y XII en las llanuras del Río Vaal (hoy provincia sudafricana del Transvaal). Los tswanas se fundieron en ocho clanes poderosos. Las rivalidades entre clanes no permitieron a los tswana crear un reino como otras naciones en África del sur.
La historia de Botswana –«la encrucijada fatal», ubicada en el corazón del sur de Africa–, es la historia del desierto de Kalahari, intermediario entre la poblada sabana del noreste y las despojadas estepas del suroeste. El tránsito precolonial posibilitó asentamientos de los británicos, holandeses y portugueses desde el siglo XVIII. Los británicos intentaron unir el continente de norte a sur (desde Sudáfrica a Egipto), tomando la «ruta de los misioneros». Los portugueses quisieron unir las colonias de Angola y Mozambique. La región fue una verdadera encrucijada entre los intereses estratégicos coloniales, y entre éstos y las tribus tswanas que habitaban esas zonas desde el siglo XVII.
En 1840, se asentaron en el este de Botswana (región de Transvaal) los colonos holandeses boers (conocidos también como afrikaaners), que huían de los ingleses establecidos en Ciudad del Cabo (Cape Town). Los boers (agricultores) disputaron las escasas tierras fértiles con los tswanas, provocando además conflictos entre éstos y los zulúes a los que los colonos expulsaron del sur de África. En 1895 tres reyes tribales Tswana fueron a Londres buscando apoyo contra los boers y contra la expansión alemana por el sudoeste africano. Botswana se transformó desde allí en un protectorado británico, conocido como Bechuanaland. Los reyes debieron conceder, a cambio de protección, que la Compañía Británica de Sudáfrica (forma de privatización y expansión inglesa), construyera una vía férrea entre sus tierras y Zimbabwe (Rhodesia). La tutela inglesa impidió la absorción política por parte de Sudáfrica, pero facilitó la dominación económica de los boers.
Pese a su vasta región semidesértica, Botswana se convirtió en uno de los principales exportadores de ganado y carne de África austral. A comienzos del siglo XX, el 97% de la población vivía en el campo y cada familia poseía al menos un par de vacas; los más ricos tenían bueyes para arar la tierra. En 1966, cuando Botswana logró su independencia, la población urbana llegó al 15% y casi el 40% de los habitantes rurales no poseía ganado. Debido a la concentración económica los afrikaaners dominaron la agricultura y controlaron el 60% de las exportaciones de carne.
La lucha independentista se confundió, en varios momentos, con un asunto matrimonial. Seretse Khama, uno de los herederos más influyentes de la etnia bamangwato, estudió derecho en Inglaterra y se casó con Ruth Williams, una oficinista europea. La boda escandalizó a los ingleses y a los afrikaaners, que impidieron a Seretse volver a su tierra natal. Seretse resistió las presiones, incluso ofertas de dinero de los ingleses y, con el apoyo masivo de su pueblo, mantuvo el liderazgo de la tribu más importante del país. No volvió hasta 1956. Nueve años después, en elecciones generales, su partido, el Partido Democrático de Botswana (BDP), obtuvo 80% de los votos.
Con la independencia, Seretse fue elegido primer presidente del país. En 1967, fue designado caballero del Imperio Británico. El BDP, llevó a cabo una política conciliadora en relación a los habitantes de origen europeo, que manejaban el 80% de la economía. Botswana formó parte de los países de la Línea del Frente que luchaban contra el apartheid (ver Sudáfrica) e integró la SADCC (ver Organizaciones Internacionales), que buscaba romper la dependencia económica de los nueve países negros del África austral con respecto a Sudáfrica.
En 1980 Seretse murió de cáncer y fue sucedido por el vicepresidente Quett Masire (doctorado en economía en Oxford), quien sufrió fuertes presiones de grupos de orientación socialista revolucionaria, en lo referente a limitar la concentración de tierras fértiles en manos de europeos y a aumentar el área destinada a cooperativas. Los campesinos acusaron a los grandes hacendados de criar demasiado ganado en tierras pobres, las que quedarían inútiles a corto plazo. Surgió, además, un movimiento a favor de nacionalizar los yacimientos de diamantes, cobre y níquel, explotados por empresas sudafricanas.
Entre 1978 y 1988, Botswana se transformó en el tercer mayor productor de diamantes del mundo, después de Australia y la actual República Democrática del Congo (entonces, Zaire), y la economía del país creció a un ritmo récord de 12% al año. De todos modos, tres quintas partes de la población vivía de cultivos de subsistencia o actividades «no institucionalizadas», es decir, fuera de las estadísticas, del control fiscal y del mercado comercial.
En 1985, hubo repetidas escaramuzas en la frontera con Sudáfrica por el apoyo que el gobierno de Botswana prestó a la lucha del Congreso Nacional Africano (ANC) contra el apartheid. En 1987 Sudáfrica presionó bloqueando las rutas que la unen con Gaborone, la capital de Botswana.
Masire fue reelecto en 1989, y el gobierno enfrentó sucesivos problemas económicos y políticos, más que nada, por la merma en la demanda internacional de diamantes. La corrupción gubernamental se hizo evidente y renunciaron varios ministros de Estado. En 1991, tres de los siete partidos opositores crearon el Frente Progresista del Pueblo (FPP) para oponerse al BDP; ese año, el país sufrió las huelgas más importantes desde su independencia. Los trabajadores públicos reclamaron un aumento del 154% y fueron despedidos 18 mil funcionarios estatales.
En 1992, el desempleo llegó al 25%. Tratando de aumentar la ocupación y para elevar el alicaído prestigio del BDP, el gobierno incentivó la instalación de industrias ajenas a la minería. Una fuerte sequía obligó a las autoridades a decretar el estado de emergencia; se redujeron drásticamente los gastos públicos y cesó más de un tercio de la mano de obra empleada directa o indirectamente por el Estado. A pesar de los problemas económicos y sociales, el BDP conservó la mayoría en las elecciones legislativas de 1994, perdiendo nueve escaños.
El país –segundo exportador mundial de diamantes, después de Rusia– ha dependido de la exportación de minerales. En parte debido a su riqueza en diamantes, la economía floreció y, según el Banco Mundial (BM), entre 1965 y 1996, se situó el mayor crecimiento mundial, con un ingreso per capita que subió a 9,2%. El turismo se transformó en esos años en la segunda fuente de recursos. La brecha entre ricos y pobres aumentó debido al rápido crecimiento.
Los conflictos internos de Namibia en la Franja de Caprivi –corredor de 460 km. de largo y en general de 30 km. de ancho– afectaron las relaciones de Botswana con su vecino. En 1999 casi 2.000 habitantes de esa franja –muchos de ellos separatistas– se refugiaron en Botswana. La decisión de darles asilo agravó las relaciones con Windhoek. Ambos países tienen además un litigio fronterizo por una isla en el río Chobe.
En 2002 el gobierno, luego de privarlos de agua y comida, reubicó en asentamientos al último contingente de 2.200 san, expulsándolos de las tierras que habitaron durante 30.000 años. En 2003, hubo tensiones entre Goborne y el grupo de Sobrevivencia Internacional (SI), contrario al despojamiento y realojamiento de los san y los basarwa. Kalahari –coto ancestral de los san– posee gran riqueza en diamantes. Bajo la legislación de Botswana, las actividades mineras y los minerales extraídos de la misma, no están sujetos a reclamo de las comunidades indígenas, aún siendo residentes de las áreas mineras.
Alrededor de mil trabajadores de la compañía de diamantes Debswana Diamond Company fueron despedidos tras una huelga, en agosto de 2004, declarada ilegal por el gobierno, en la que reclamaron mejoras salariales. La Unión Minera de Trabajadores de Botswana (UMTB) demandó un 16% de aumento salarial y un 24% en bonos para 2004 y 2005.
Bajo el pretexto de su participación en la «lucha global contra el terrorismo», convocada por Estados Unidos tras los atentados en New York y Washington del 11 setiembre de 2001, el partido de gobierno rechazó en mayo de 2005 los llamamientos para abolir una ley de seguridad nacional, que había sido aprobada en 1986 en respuesta a la agresiva política del gobierno sudafricano de aquel entonces hacia Botswana y otros países vecinos. La misma prohibía a toda persona publicar información oficial sin autorización e informar sobre el ejército de Botswana.
En mayo de 2006 se detectó un brote altamente contagioso de fiebre aftosa al sureste del país, el área de mayor producción de carne vacuna. Las pérdidas, debido a la clausura de exportaciones y al cierre de mataderos, afectaban varios millones de dólares y amenazaban, incluso, la supervivencia de la industria de carne vacuna.
También en mayo de 2006, llegó a su fin el juicio más largo en la historia del país, entablado por los San contra el gobierno. Más del 10% de los demandantes habían muerto en campos de reubicación del gobierno desde la presentación del caso en abril de 2002, tras ser expulsados de la Reserva Central de Kalahari en febrero de ese año.
El Tribunal Superior de Botswana se pronunció, en diciembre, a favor del pueblo san, dictaminando que el destierro y posterior reubicación de 2002 había sido «inconstitucional e ilegal», dando fuerte revés a las autoridades y su intento de extraer diamantes de tierras san.
En julio de 2007, el Banco Mundial publicó su informe La gobernabilidad importa, 2007: Indicadores de la gobernabilidad en el ámbito mundial 1996-2006, que situó a Botswana entre los 16 países con mayor estabilidad política y ausencia de violencia en el mundo, y en la primera ubicación entre los países de África.