Diamantes y cuarzos tallados hace unos ocho mil años y un megalito colocado hacia 500 A.C. en territorio centroafricano permiten confirmar la existencia, allí, de formas desconocidas de organización humana, con anterioridad a 800 A.C. Los pigmeos, cazadores y recolectores, que viven hasta el presente en la selva (al suroeste), serían los primeros habitantes de la actual República Centroafricana.
La primera estructura estatal conocida en el territorio es el Reino de Kanem, fundado en el siglo IX e islamizado en el siglo XI, que, desde Chad, se apoderó, en sus inicios, de la zona norte del país. Existen indicios de que pueblos emparentados con los nubios (venidos de Egipto y Sudán) establecieron dos Reinos durante los siglos XV y XVI en otras regiones centroafricanas.
A la deportación masiva llevada a cabo por los sultanatos de Sudán, hacia 1750, de pobladores ribereños del río Ubangui (comerciantes de lengua sango), sirviéndose de mercaderes pertenecientes a estos mismos grupos (los Bobanguis), siguió, a partir de 1780, la trata de los negreros portugueses. Estos últimos capturaron, fundamentalmente, a gbayas-mandjas y bandas, que vivían en las sabanas del centro y el norte y representaban, en ese momento, más de la mitad de los habitantes del territorio de la actual República Centroafricana. A fines del siglo XVIII restaba una población diezmada y enfrentada entre sí, principalmente por el odio hacia los bobanguis.
La mayoría de los centroafricanos de hoy constituyen un mosaico de etnias que comenzaron a establecerse, en pequeños grupos aislados, al finalizar el siglo XVIII, tras la abolición formal de la esclavitud. Diversos grupos heterogéneos y poco numerosos (desde cazadores hasta agricultores organizados), así como los preexistentes en el territorio, practican hasta hoy los mismos rituales animistas, cantos y ritmos de percusión. Se encontraron láminas ornamentadas con alas de mariposas y algunas esculturas de marfil y ébano que dan cuenta de un arte truncado por la colonización europea.
Durante la dos últimas décadas del siglo XIX (en plena Revolución Industrial), belgas, británicos, alemanes y franceses, provistos de quinina contra la malaria y de poderosas armas, compitieron por el control del territorio centroafricano, en busca de materias primas. En 1887, Francia y Bélgica dividieron sus dominios a uno y otro lado del río Ubangui. En 1888 los franceses fundaron en suelo centroafricano una entidad administrativa que nombraron Congo Francés, con base en Bangui, la capital de la actual República Centroafricana. En 1891, el territorio ocupado por los franceses adquirió el nombre de Ubangui-Chari. En 1903 alcanzó el estatuto de colonia, para ser integrado al África ecuatorial francesa en 1910.
En la Primera Guerra Mundial, centenas de centroafricanos fueron enviados a combatir para el ejército francés en la conquista de los territorios alemanes de África. Desde sus inicios, la ocupación militar de Francia, con continuas expediciones contra el Sultán de Rabah (Sudán), ejerció una represión salvaje sobre las numerosas insurgencias de los centroafricanos, que eran forzados a trabajar. Unas 40 empresas europeas explotaron el caucho, el marfil y el diamante, así como la tierra con plantaciones de algodón y café. Para este fin construyeron vías férreas.
El trabajo forzado provocó nuevas rebeliones en la década de 1930. Durante la Segunda Guerra Mundial, las exportaciones de algodón y diamantes alcanzaron niveles récord y Francia se mostró renuente a abandonar esta fuente de ingresos. Finalmente, en 1946, las dificultades financieras obligaron a Francia a conceder, tanto a Ubangui-Chari, como a las demás colonias, la abolición del trabajo forzado y el nuevo estatuto de «territorio de ultramar». Este nuevo estatuto otorgaba el derecho a representación en la Asamblea legislativa francesa. El primer diputado centroafricano fue el sacerdote católico Barthélemy Boganda (1910-1959). A pesar de estas reformas, Francia mantuvo el control sobre el comercio exterior, la defensa y la recaudación de impuestos.
A partir de 1949, con la fundación del Movimiento para la Evolución Social de África negra (MESAN), Boganda lideró la organización de la lucha por la emancipación. Los franceses llevaron a cabo campañas de descrédito en su contra, y hacia 1956, lograron corromper a sus principales asesores, David Dacko y Abel Goumba. David Dacko, sobrino y compañero de Boganda, asumió el control, pero MESAN degeneró en una agencia controlada por Francia. Abel Goumba rompió con el MESAN para formar el MEDAC, que fue proscripto por los franceses en 1960, y cuyos líderes fueron arrestados.
En 1958, el país fue reconocido como República Centroafricana, perteneciente a la Comunidad francesa. Boganda, convertido en primer ministro, intentó, inmediatamente, constituir una unión de estados de Africa latina, junto a Chad y Congo, con la adhesión de los territorios portugueses. Pero, en 1959, murió víctima de un accidente aéreo, cuyas causas nunca fueron aclaradas.
El 13 de agosto de 1960, se proclamó la independencia. El presidente de la República fue Dacko, quien, en 1964 procedió a una reforma constitucional y se atribuyó todos los poderes. Eliminó a los posibles opositores dentro del MESAN, se identificó cada vez más con los franceses (dio al francés el status de «lengua oficial» y al sango, el de «lengua nacional»), y otorgó a capitales estadounidenses la explotación de uranio y cobalto.
Dacko perdió rápidamente el apoyo popular legado por Boganda, como resultado de su gestión corrupta, que agudizó la crisis en materia económica y política. En 1965, uno de sus primos, el coronel Jean Bédel Bokassa (1921-1996), tomó el poder a través de un golpe de Estado. Bokassa, muy ligado a Francia, en cuyo ejército había servido durante 22 años, se proclamó presidente vitalicio en 1972, y mariscal de campo cuatro años más tarde.
En 1977, Bokassa decidió coronarse emperador del país (al que cambió de nombre por el de Imperio Centroafricano), en una ceremonia que costó 28 millones de dólares y fue financiada por Francia, Sudáfrica e Israel. El nuevo emperador concedió tres mil hectáreas a un oficial retirado del ejército israelí para la extracción de diamantes y tomó como asesores militares a conocidos traficantes de armas.
El emperador y el entonces presidente de Zaire, Mobutu Sese Seko, iniciaron una estrecha colaboración militar para redoblar la eficacia en la represión de continuas rebeliones populares que se alzaban en ambos países. En 1979, una masacre de estudiantes sacudió a la opinión pública mundial.
Francia decidió derrocar al emperador y borrar la mala imagen creada cuando lo ayudó a su entronización. El 20 de setiembre de 1979 realizó un operativo para reponer al ex presidente David Dacko, quien asumió el poder sin ocultar su carácter de enviado colonial, protegido por mil soldados franceses.
Dacko disolvió el imperio y reinstauró la república, al mismo tiempo que otorgó a Francia los derechos de uso de la enorme base aérea de Bouar (oeste), por diez años. El retorno de Dacko no implicó más que un cambio de nombres: la corrupción y la represión continuaron como en los tiempos de Bokassa. La persecución de los políticos opositores fue implacable; casi todos fueron a prisión o al exilio.
En medio de conspiraciones y luchas por el poder, un golpe militar derrocó a Dacko en setiembre de 1981, con el general Kolingba al frente. Este pidió a los franceses que asumieran, durante un año, el pago de los salarios de los 24 mil funcionarios públicos centroafricanos y, por otra parte, en un nuevo acercamiento a Estados Unidos, otorgó a ese país nuevas concesiones económicas para la explotación de las minas de uranio.
El retorno a la normalización institucional, previsto para 1982, terminó en la realización de comicios vedados a la oposición, el 21 de noviembre de 1986. Kolingba fue electo presidente con su Partido Centroafricano de Recuperación Democrática (PCRD) y se aprobó una nueva constitución que consagró el régimen de partido único. En julio de 1987 se eligieron los miembros de la Asamblea General entre integrantes del PCRD.
Durante ese período, se inició un ajuste económico estructural, pautado por el FMI, que no mejoró la situación catastrófica que delataban los indicadores socio-económicos. La agudización de la malnutrición, la mortalidad infantil y la expansión de enfermedades como el SIDA (que alcanzó al 12% de la población en 2003), entre otros, son muestra del padecimiento de los centroafricanos tras las sucesivas políticas económicas adoptadas.
En 1986, Bokassa retornó de su exilio en Francia. Acusado de asesinatos, canibalismo y malversación de fondos, había sido juzgado en rebeldía y condenado a muerte. A su vuelta fue detenido, juzgado nuevamente, y enviado a prisión perpetua.
Con vistas a mejorar las relaciones comerciales con los países desarrollados, en mayo de 1988 se realizaron elecciones municipales directas y por sufragio universal. En 1991, se aprobó un plan para reformar la Constitución y adoptar el pluripartidismo. Las elecciones fueron fijadas para octubre de 1992, pero poco después de iniciada la votación Kolingba anuló los comicios alegando irregularidades. Tras la anulación, se creó un Consejo Nacional Provisorio de la República, integrado por los cinco candidatos presidenciales.
La primera vuelta de las elecciones presidenciales tuvo lugar en agosto de 1993. Kolingba, que ocupó el cuarto puesto, volvió a anular el resultado por decreto. Sin embargo, Francia amenazó con suspender su ayuda militar y financiera, obligándolo a realizar la segunda vuelta y a liberar a los presos políticos (incluido el ex emperador Bokassa).
El 19 de setiembre, Ange-Félix Patassé, ex primer ministro de Bokassa, fue elegido presidente con 52,47% de los votos. En 1996, Patassé solicitó la intervención militar de Francia para derrotar a un grupo de soldados amotinados. A partir de allí, la ciudad de Bangui fue, varias veces, escenario de violentas manifestaciones de hostilidad a la presencia de soldados franceses.
En junio, el presidente anunció la instauración de un gobierno de unidad nacional y designó como primer ministro a Jean Paul Ngoupande, ex embajador en Francia.
Francia lanzó una ofensiva en Bangui, a principios de 1997, contra las tropas amotinadas, en represalia por la muerte de dos de sus soldados. A raíz de este hecho, Patassé y el líder rebelde, Anicet Saulet, acordaron el reemplazo de los efectivos franceses por una guardia integrada por países africanos, aunque financiada por París.
En febrero, Patassé incorporó al gobierno a algunos opositores y la mayoría de los amotinados regresó a sus cuarteles. Más tarde, el presidente exigió a Francia el retiro de sus bases militares y buscó un acercamiento con Estados Unidos, cuya influencia en la región aumentaba.
El Consejo de Seguridad de la ONU autorizó, en 1998, el envío de la Misión de Naciones Unidas en República Centroafricana.
En febrero de 2002, la población de Bangui protestó contra la llegada de tropas libias al país para proteger al presidente. Bozize se había refugiado en Chad y luego en Francia y en octubre regresó a Chad. Rebeldes leales a Bozize atacaron, entrando desde Chad, varios pueblos y tomaron la tercera parte de la capital para exigir el diálogo o la dimisión de Patassé.
Finalmente, Bozize conquistó el poder en marzo de 2003, se declaró presidente y disolvió el parlamento. Cuatro años después de haber retirado sus bases militares, Francia envió tropas, al igual que Chad y República del Congo, para asegurar la victoria del golpe. Las distintas fuerzas de intervención pactaron con el nuevo presidente la realización de elecciones democráticas en 2004. Patassé, desde su exilio en Togo, declaró, en mayo, estar dispuesto al diálogo para lograr una «transición consensuada».
Bozize ganó las presidenciales de mayo de 2005, en segunda vuelta, con 64,6% de los votos mientras el ex primer ministro Martin Ziguele logró el 35,4. En junio fue ungido el nuevo presidente.
Un avión con 50 hombres armados aterrizó en el norte del país, en abril de 2006. El gobierno aseguró que se trataba de fuerzas de apoyo a los rebeldes de Chad, provenientes de Sudán.
La Corte Penal Internacional abrió, en mayo de 2007, una investigación sobre violaciones masivas ocurridas durante los enfrentamientos de 2002 y 2003. Según las denuncias, habría miles de víctimas de estos hechos.