Existe evidencia de presencia humana temprana en Chipre, herramientas e instrumentos con una antigüedad cercana a 10 mil años. El primer asentamiento conocido fue en Khirokitia (cerca de la costa sur), donde unos dos mil habitantes construyeron sus casas en piedra. El hallazgo de pequeñas cantidades de obsidiana –tipo de piedra volcánica no nativa de la isla– es el único signo de contacto con otras culturas. Khirokitia y otros asentamientos menores asociados desaparecieron en pocos siglos, dejando la isla desierta cerca de 2 mil años. Por los valles y montañas de Chipre desfilaron hititas, fenicios, griegos, sirios, persas, egipcios, romanos, árabes y turcos, hasta que en 1878 el Imperio Británico –necesitado de una base para expandirse hacia el este– negoció su ocupación con Turquía. Los otomanos, después de más de 300 años de dominio, cedieron Chipre a Inglaterra, a cambio de protección británica contra la Rusia zarista.
En 1931 se dieron varios movimientos a favor de la enosis (anexión) de Chipre a Grecia (dado el ejemplo de la unión de Creta a Grecia en 1913): la enosis fue impulsada por la Iglesia Ortodoxa Griega, orientadora espiritual de los greco-chipriotas, que son mayoría en la isla, pero Turquía –rival de Grecia– temió verse cercada en sus costas mediterráneas por un vecino hostil. Los británicos exiliaron a varios sacerdotes greco-chipriotas pero, finalizada la Segunda Guerra Mundial, el personaje político más importante del país fue el arzobispo Vaneziz Makarios (su nombre original Mikhail Khristodolou Mouskos), exilado en Seychelles. Desde el exilio Makarios encabezó el movimiento independentista chipriota.
En 1959, representantes de Grecia y Turquía, del partido democrático de Makarios y de la corona británica acordaron crear la República de Chipre, con garantías para la minoría turca y soberanía inglesa sobre las bases militares de la isla. La independencia se proclamó el 16 de agosto de 1960, y Makarios (considerado por el gobierno de EEUU como «el Fidel Castro del Mediterráneo»), asumió la presidencia, apoyando la causa anticolonialista y participando activamente del Movimiento de Países No Alineados (fue reelecto en 1968 y 1973). Las tensiones entre Grecia y Turquía persistieron y frecuentemente se reflejaron en Chipre con conflictos entre las comunidades griega y turca.
En 1963, radicales de derecha (partidarios de la enosis), intentaron sin éxito un golpe de Estado. En 1974, la Guardia Nacional Chipriota, comandada por oficiales del ejército griego, depuso a Makarios (que se fugó a Inglaterra) y nombró como presidente a Nikos Sampson, partidario de la anexión a Grecia: inmediatamente después Turquía invadió el norte de Chipre, bombardeó Nicosia (Levkosía) y expulsó hacia el sur a 200 mil greco-chipriotas, pretextando proteger la minoría turca. Ese mismo año, Sampson entregó la presidencia a Glafcos Klerides (presidente de la Cámara de Diputados) y, ante la perspectiva de una guerra con Turquía –sumada a la oposición interna y al repudio internacional–, renunció la junta dictatorial de los «coroneles» en Grecia (en el poder desde 1967).
A fines de 1974, Makarios regresó a Chipre y reasumió la presidencia, hasta su muerte en 1977, siendo sucedido por Spyros Kyprianou, quien continuó con los postulados de Makarios (no reconocer la división de Chipre y mantener la integración al Movimiento de No Alineados). Las fuerzas turcas, que ocupaban el 40% de la isla, se negaron a volver al statu quo anterior al golpe y permanecieron en el país: se proclamó un estado federal turco-chipriota, al norte de la isla, bajo la presidencia de Rauf Denktash (1975).
Denktash y Makarios habían acordado cuatro bases para negociar la paz: a) establecer una república federal independiente, no alineada y binacional; b) la exacta delimitación territorial que administraría cada comunidad; c) la discusión de –entre otros temas– la libertad de circulación interna, el derecho de propiedad y un sistema federal con iguales derechos para ambas comunidades; d) la aplicación de poderes federales, en salvaguarda de la unidad de Chipre. Las negociaciones no prosperaron, pues Turquía no retiró sus tropas, condición indispensable para los greco-chipriotas: en 1983, se proclamó la República Turca de Chipre del Norte (RTCN), reconocida sólo por Turquía.
Chipre progresó económicamente desde 1983, debido al turismo, la ayuda internacional y la conversión en centro financiero internacional (en sustitución de Beirut, paralizado por la guerra civil libanesa), beneficiando más que nada a la burguesía greco-chipriota. En el norte de la isla, se dio una fuerte inmigración de colonos turcos (más de 40 mil personas) lo que, sumado a la presencia de casi 35 mil soldados turcos y la emigración de unos 20 mil turco-chipriotas, produjo un cambio de perfil en la población, que en la década de 1990 registró un turco continental por cada turco-chipriota.
En 1985 se realizó un referéndum para adoptar la Constitución de la RTCN: un 65% de los votantes apoyó la nueva carta magna, el 30% de los habilitados se abstuvo, porcentaje que fue considerado un serio cuestionamiento a la legitimidad de ese Estado.
Giorgis Vassiliu fue electo presidente de Chipre en 1988, y restableció negociaciones con Denktash, suspendidas desde 1985: los líderes y representantes de los 350 mil chipriotas en el exilio pidieron a ambos líderes «flexibilidad constructiva». La comunidad griega –por su prosperidad económica y por ser mayoría– pretendió que la independencia fuera garantizada por la ONU, además de libertad de movimiento y derecho de propiedad en toda la isla; los turco-chipriotas –basados en la superioridad de la milicia turca– demandaron una federación binacional, bajo protección de Turquía. Las conversaciones se abandonaron nuevamente en 1989.
En 1990, Denktash fue reelecto en la RTCN. En 1991, Turquía propuso, apoyada por George Bush (presidente de EEUU), una cumbre con representantes de Ankara, Atenas y ambas comunidades chipriotas: Grecia y las autoridades greco-chipriotas señalaron que el apoyo de Washington a la iniciativa se dio en compensación por la ayuda de Turquía en la Guerra del Golfo (ver historia de Irak). En 1992, la ONU declaró a Chipre país bicomunitario y birregional, con iguales derechos políticos para ambas comunidades. En 1993, Glafkos Klerides derrotó a Vassíliu en las elecciones presidenciales.
En 1994, la Corte Europea de Justicia dictaminó ilegal el comercio directo entre la RTCN y la UE. En 1996, se incrementó la violencia y la tensión en la zona norte de la isla. Klerides y Denktash –con la mediación de la ONU– se entrevistaron repetidamente en 1997 intentando la reunificación de la isla, previo a su ingreso a la UE. Las conversaciones directas entre la UE y las autoridades greco-chipriotas entorpecieron el diálogo y la reunificación no prosperó. La UE consideró que, sin reunificación en la isla, la parte griega podría ser admitida como si fuese un estado independiente, dejando fuera a la turca. Denktash consideró que se debía reconocer la legitimidad política de la RTCN y admitir en la unión a todo Chipre.
En 1998 la UE acordó el inicio de las negociaciones para incorporar la parte griega de Chipre a la Unión. En 1999, Grecia levantó el veto al ingreso de Turquía a la UE, y auxilió al gobierno turco, tras un devastador terremoto (ver historia de Turquía), lo que señaló el cambio del clima político respecto a Chipre.
En 2000 se reanudaron, en el marco de la ONU, las negociaciones entre Klerides y Denktash, que finalizaron sin ningún progreso. La parte greco chipriota quería una estructura bicomunal reunificada, la turco chipriota pedía la doble soberanía. Finalizada una nueva ronda en Ginebra, Denktash amenazó no volver a negociar mientras el RTCN no obtuviera reconocimiento internacional.
Turquía levantó, con ciertas condiciones, el veto al acuerdo entre la UE y la OTAN, en 2001. Poco después, Klerides cruzó la «línea verde» en Nicosia y se entrevistó con Denktash. La inminente entrada de Chipre a la UE dio un nuevo impulso al diálogo, bajo la égida de Ankara –que condicionaba el ingreso de la RTCN a la unión al suyo propio–, la RTCN se negó a negociar su ingreso en la UE con la República de Chipre.
En 2002, la UE parecía decidida a aceptar, si no había acuerdo, sólo a la parte sur de la isla. Sin embargo ese año, Klerides y Denktash recomenzaron negociaciones con mediación de la ONU, concentrados en sus aspiraciones de acceder finalmente a la UE. A fines de 2002, el secretario general de la ONU, Kofi Annan, presentó un plan de paz que preveía una federación, con presidencia rotativa. Ese año, la UE invitó a Chipre a la cumbre de Copenague de 2004, siempre que hubiera un acuerdo en 2003.
En las elecciones de 2003, Tassos Papadopoulos resultó electo en la parte griega. Pocas semanas después, la fecha límite de la ONU pasó sin acuerdo de reunificación. Annan reconoció que su plan había fallado. Ese mismo año, por primera vez en tres décadas, tanto los chipriotas turcos como los griegos cruzaron la «línea verde» que divide el país.
En abril de 2004 se llevaron a cabo dos plebiscitos simultáneos sobre un plan de reunificación presentado por la ONU: los greco-chipriotas rechazaron el plan, mientras que los turco-chipriotas lo respaldaron. El 1º de mayo, Chipre pasó a ser, junto con otros nueve países, miembro pleno a la UE. La zona norte del país (turco chipriota) no ingresó, pues no avanzaron las negociaciones para la reunificación del país.
Ankara declaró en diciembre que reconocería a Chipre como miembro de la UE antes de comenzar las conversaciones, previstas para octubre de 2005, sobre su propio ingreso.
Mehmet Ali Talat fue electo presidente turco chipriota en abril de 2005. Un mes después, autoridades greco chipriotas y oficiales de la ONU comenzaron a conversar sobre la posibilidad de un nuevo acuerdo de paz.
El parlamento chipriota aprobó, en junio, el proyecto de constitución europea.
En marzo de 2006, contrariando lo prometido, Ankara no había reconocido a Chipre como miembro de la UE y mantenía tropas al norte del país, en la autodeclarada República Turca de Chipre del Norte. Aún así, continuaban las conversaciones –aunque no se vislumbraba solución– sobre el posible ingreso de Turquía a la UE, mientras los cascos azules patrullaban la «línea verde».
La UE confirmó, en julio de 2007, el ingreso de Chipre a la zona euro, lo que sucedería a partir del 1 de enero de 2008.