Por el siglo III a.C. inmigrantes ablé llegaron desde la península arábiga y se establecieron en el norte y el sur del actual territorio de Djibouti. Los afar, también llamados danakil, descienden de estos pueblos. Luego los issa de Somalia expulsaron a los afar del norte y se establecieron en las regiones costeras. En el año 825 d.C. misioneros árabes introdujeron el Islam. Los árabes controlaron el comercio en la región hasta el siglo XVI, cuando llegaron los portugueses a hacerles competencia. En 1862, Tadjoura, uno de los sultanatos en la costa somalí (ver Somalia), vendió el puerto de Obock y las tierras adjuntas a Francia por 52.000 francos y, en 1888, la Somalilandia Francesa (Côte Française des Somalis) fue establecida.
Djibouti se convirtió en la capital oficial de este territorio francés en 1892. Un tratado con Etiopía en 1897 redujo el tamaño del territorio. Para conectar Djibouti con el interior de Etiopía fue construida una vía férrea que alcanzó Dire Dawa en 1903 y Addis Ababa en 1917. El interior del área fue abierto de forma efectiva en 1924 y 1934 a través de la construcción de caminos y puestos administrativos. Luego de la Segunda Guerra Mundial el puerto de Djibouti perdió el comercio con el puerto etíope de Asseb (ahora en Eritrea). En 1946 la Somalilandia Francesa adquirió el estatus de territorio de ultramar (desde 1967 llamado Territorio Francés de los Afar e Isa) y, en 1958, votó a favor de convertirse en miembro de ultramar de la comunidad francesa bajo la Quinta República.
La independencia y reunificación de Somalia en 1960 estimuló el desarrollo de movimientos anticolonialistas, como el Frente de Liberación de la Costa de los Somalíes o la Liga Africana por la Independencia, que desarrollaron simultáneamente formas de lucha armada y política legal.
La intensificación de la resistencia en la década de 1970 obligó a renunciar a Alí Aref, gobernador interino. Francia convocó a un plebiscito el 8 de mayo de 1977, en el cual 85% de la población se pronunció por la independencia. El máximo dirigente de la Liga Africana por la Independencia, Hassan Gouled Aptidon, se convirtió en presidente de la joven República.
Gouled se esforzó por vencer la tradicional división étnica y constituir un gobierno multirracial con varios ministros de origen afar. Al mismo tiempo –y aunque el lenguaje oficial sigue siendo el francés– Djibouti fue aceptado como miembro de la Liga Árabe, que ha contribuido generosamente a la recuperación de la economía local.
Creado artificialmente por el colonialismo, basado en razones estratégicas, el nuevo Estado depende de su puerto como principal recurso a través del cual Etiopía canaliza gran parte de su comercio exterior.
Etiopía y Somalia, vecinos de Djibouti, tenían aspiraciones territoriales con este país. El interés de Etiopía era fundamentalmente geopolítico, por la posición estratégica de Djibouti en la salida del Mar Rojo. Al conquistar Eritrea su independencia, Etiopía se transformó en un país sin salida al mar. De no lograr acuerdos con los eritreos para el uso de sus puertos, Djibouti sería la única alternativa disponible. Para Somalia, coherente con su aspiración de reunificar la nación somalí, se trataba de una reivindicación histórica.
A mediados de 1979, el presidente Hassan Gouled firmó con Etiopía y Somalia acuerdos comerciales y de transporte. Se estimuló la participación de los afar en el gobierno y en el nuevo ejército como forma de lograr la unidad nacional. La ayuda externa se destinó fundamentalmente a obras de riego y a mejorar la situación de los refugiados de la Guerra de Ogadén.
Al completar ocho años de existencia como país independiente, Djibouti reafirmó su decisión de seguir su propio camino, contrariando a los que esperaban una rápida incorporación a Etiopía o Somalia.
En octubre de 1981, el presidente Gouled impuso un cambio en la Constitución para introducir el sistema de partido único. La oficialista Agrupación Popular por el Progreso (RPP) pasó a ser el único partido legal, y todos los demás perdieron su registro oficial con el argumento de que se trataba de partidos raciales o religiosos y, por tanto, potencialmente peligrosos para la unidad nacional.
En 1983 se establecieron las bases de un proyecto que transformaría radicalmente la economía de Djibouti y convertiría el país en una especie de Hong Kong del Oriente Medio. El plan preveía el otorgamiento de facilidades para la creación de una plaza financiera y un puerto franco comercial. Seis bancos extranjeros se instalaron en Djibouti; la principal atracción fue la existencia de una moneda fuerte, sustentada en los depósitos en dólares en los Estados Unidos.
Al finalizar 1984, el balance de los primeros resultados no eran favorables: una baja en el movimiento de pasajeros y en el trasbordo de mercaderías hacia Etiopía y Somalia redujeron las entradas aduaneras y el conjunto de la actividad bancaria. La persistencia del conflicto en la zona se identificaba como la razón fundamental del retraimiento de capitalistas europeos.
Con la cooperación del Alto Comisionado de las Naciones Unidas, el gobierno de Hassan Gouled recomenzó en 1986 el proceso de repatriación voluntaria de los más de cien mil refugiados, interrumpido en 1983. Simultáneamente firmó acuerdos bilaterales con Etiopía contra el contrabando y por la promoción de la paz en las zonas fronterizas, cerradas cuando el conflicto con Somalia por la región del Ogadén en 1977.
En agosto de 1987, la presencia militar extranjera en Djibouti aumentó, al ser utilizadas las instalaciones militares francesas por las fuerzas navales de EE.UU. y Gran Bretaña, en el marco de sus maniobras en el Golfo Pérsico.
En 1990 Francia anuló la deuda contraída por Djibouti por concepto de ayuda pública al desarrollo, que era del orden de 40 millones de dólares. En 1991, se intensificaron los enfrentamientos entre el gobierno y la guerrilla del Frente para la Restauración de la Unidad y la Democracia (FRUD). Amnistía Internacional acusó en noviembre al gobierno de haber torturado a 300 prisioneros.
En las elecciones presidenciales de 1993, Gouled resultó reelecto nuevamente con más de 60% de los votos. Sin embargo, a instancias del FRUD, la mitad del electorado se abstuvo y la oposición calificó a los comicios de «fraude».
Los enfrentamientos armados entre tropas del gobierno y la guerrilla se acentuaron en las semanas posteriores a la elección y miles de personas debieron refugiarse en Etiopía. El gobierno francés ofició de intermediario para lograr un alto al fuego y la apertura de negociaciones. Por su parte, Gouled opinó que la rebelión formaba parte de un plan inspirado por Etiopía.
En junio de 1994, Gouled y el FRUD decidieron conjuntamente dar por terminada la guerra, que había durado dos años y medio. Ese mes, una manifestación de un grupo de residentes, en su mayoría afar, del distrito de Arhiba, que se oponían a la demolición de sus viviendas por razones de «seguridad», fue reprimida por la policía. La intervención dejó un saldo de cuatro muertos, 20 heridos y 300 detenidos, entre ellos Muhammad Ahmad Issa, presidente del Frente Unido de la Oposición.
En octubre, la dirección del movimiento prohibió a Ahmad Dini Ahmad y a Muhammad Adoyta Yussuf, otro dirigente disidente, el ejercicio de cualquier «actividad o responsabilidad» en el FRUD. En 1995, después de una revisión de la Constitución, parte del FRUD se alió con el partido gobernante, en un hecho que Dini Ahmad calificó de «traición».
A mediados de 1995 y bajo presión del FMI, el gobierno redujo el gasto público y tomó medidas para aumentar los ingresos fiscales. Al año siguiente, el FMI otorgó a Djibouti un crédito de 6,7 millones de dólares.
En febrero de 1998, y a pesar de haber firmado Djibouti la Carta Africana para los Derechos Humanos, que en su artículo noveno garantiza la libertad de expresión e información, el director de la publicación bimensual Al Wahda, Ahmed Abdi Farah, y el periodista Kamil Hassan Ali fueron arrestados por haber criticado al gobierno en un artículo difundido el año anterior.
Abril de 1999 marcó la primera vez en que la ciudadanía votó por un presidente desde la independencia. Resultó electo por amplio margen Ismail Omar Guelleh, segundo presidente en la historia del país, cuya campaña electoral prometía aliviar la pobreza de la población. Sus rivales políticos lo acusaron de haber asesinado a opositores durante dos décadas, cuando fuera asesor clave y director de cuerpos especiales de la policía.
El jefe de la Policía, general Yacin Yabeh Galab, fracasó en su intento de dar un golpe de Estado en diciembre de 2000. El gobierno y la facción más radical del FRUD firmaron en mayo de 2001 un acuerdo de paz para poner fin a la guerra civil. Ahmad Dini Ahmad regresó a Djibouti luego de nueve años de exilio.
Como primer gesto de apertura hacia el FRUD, Guelleh recompuso su gabinete ministerial. Sin embargo, pese a las especulaciones previas, entre los nuevos integrantes del gobierno no fue nombrado ningún representante del FRUD.
En setiembre de 2002 caducó la ley de 1992 que sólo permitía la competencia con el partido gobernante a otros tres partidos y así se abrió el camino para una política multipartidaria.
En enero de 2003 la coalición que respaldaba al presidente Omar Gelleh –la Unión por la Mayoría Presidencial– ganó en las primeras elecciones multipartidarias desde la independencia de 1977.
En mayo de 2003 se anunció un aumento en la contribución anual de Francia a Djibouti por alojar su base militar –ocupada por 2.700 franceses– de 20 a 34 millones de dólares.
Al menos 50 personas murieron y alrededor de 4.000 debieron abandonar sus hogares en la capital, luego de que lluvias torrenciales desbordaron del río Ambouli en abril de 2004, causando severas inundaciones; los bancos, escuelas y comercios debieron permanecer cerrados.
Por haberse retirado el último candidato opositor un mes antes, en las elecciones de abril de 2005, que contaron con una participación del 79%, Guelleh fue reelecto con el 100% de los votos. Los partidos opositores, previamente, habían llamado al boicot, pronosticando que habría fraude generalizado.
Si bien en noviembre de 2005 fueron liberados todos los dirigentes sindicales y trabajadores que habían sido detenidos a raíz de una huelga general realizada en el puerto dos meses atrás, 36 de ellos –entre quienes figuraban los 11 dirigentes del sindicato de trabajadores del puerto que habían sido puestos bajo vigilancia y luego detenidos provisionalmente– no pudieron reincorporarse a sus tareas porque fueron despedidos.
Un informe sobre el cumplimiento de las normas fundamentales del trabajo, publicado en febrero de 2006 y realizado por la Confederación Internacional de Organizaciones Sindicales Libres (CIOSL), denunció las graves violaciones de las que son víctimas los sindicatos y sindicalistas del país desde hace varios años. Además, el documento destacaba la no conformidad de la legislación de Djibouti con los convenios de la Organización Internacional del Trabajo sobre trabajo forzoso, libertad sindical e igualdad de remuneración entre hombres y mujeres.
Una jueza de instrucción francesa citó a declarar, en febrero de 2007, al presidente Gelleh –que se encontraba en Francia para asistir a la cumbre francoafricana– en relación a la muerte de un juez francés ocurrida en Djibuti, en 1995. El caso había sido caratulado como suicidio pero investigaciones posteriores no descartaban un asesinato político en el que estaría involucrado –según la viuda de la víctima– el propio Guelleh.