Los utensilios paleolíticos encontrados en las selvas gabonesas demuestran que el territorio estuvo habitado desde épocas muy tempranas. En el siglo XVI la misma migración que provocó la crisis del Antiguo Reino del Congo trajo a Gabón a los pueblos myene, y en el siglo XVIII a los fang. Desde entonces Gabón monopolizó el tráfico de esclavos y marfil con los europeos.
Los primeros europeos que visitaron sus costas fueron los portugueses (1472), pero sólo a mediados del siglo XIX los franceses, holandeses y británicos establecieron un comercio permanente, llevándose marfil, maderas preciosas y esclavos. En 1849 se fundó Libreville como asentamiento de esclavos libertos de otras colonias francesas. El territorio no tenía mayor atractivo económico y los franceses lo utilizaron como base estratégica para proseguir sus expediciones al interior del continente.
La independencia llegó sin mayores sobresaltos, ya que los dos partidos locales (el Movimiento Mixto Gabonés de León M'Ba y la Unión Democrática y Social de Jean-Hilaire Aubame) se mostraban dispuestos a aceptar la tutela neocolonial. En 1960, al tiempo que se declaró la independencia, se firmó un tratado de alianza militar entre Libreville y París.
Gabón posee abundantes reservas minerales (hierro, uranio, manganeso) y maderas. Hasta poco después de la independencia, los aserraderos eran la única industria local de cierta magnitud. El descubrimiento de vastos yacimientos petrolíferos impulsó a las trasnacionales Shell, Amoco y Braspetro a extraer las riquezas y a iniciar un proceso de industrialización, cuando descubrieron que Gabón podía servirles de entrada a los mercados del África Central.
Ese proceso de desarrollo dependiente de capitales extranjeros no hizo más que agravar los problemas sociales. La promesa de empleos en las ciudades aceleró el éxodo de los campesinos, transformó la estructura social y los productores independientes se convirtieron en mano de obra barata a disposición de las trasnacionales.
Al morir M'ba, en 1967, lo sucedió su ministro de Defensa, Omar Bongo, quien continuó fielmente su línea. Aplicando a los intereses galos la tesis norteamericana de los «subimperialismos», Bongo se transformó en «gendarme» del África Central, base de agresión contra los regímenes vecinos. En enero de 1977 Gabón proporcionó el avión y las armas que utilizó un grupo mercenario en su fracasada agresión contra Benín.
La política externa de Bongo fue flexibilizándose; mantuvo buenas relaciones con varios estados de la región, entre ellos con Angola. Así como en Senegal, Côte d'Ivoire, Chad y República Centroafricana, Gabón mantuvo tropas francesas en su territorio.
En 1979 y en 1986, Bongo fue reelecto con el 99% de los votos, en elecciones presidenciales en las que era el candidato único.
El despilfarro de recursos y las denuncias de corrupción en el gobierno generaron violentas protestas populares en a principios de la década de1980. La rebelión se extendió hasta la policía, que en 1982 realizó una manifestación exigiendo aumento de salarios y el retiro de los consejeros de Francia. Las protestas fueron brutalmente reprimidas.
El gobierno reprimió también la lucha del Movimiento por la Renovación Nacional (MORENA), formado por intelectuales, estudiantes y políticos nacionalistas. El movimiento fue acusado de haberse apoderado de 30 toneladas de armamento, en 1982, cuando comenzaron los atentados contra bienes de la familia Bongo e instalaciones militares francesas. Al menos 28 dirigentes del MORENA fueron condenados a 15 años de prisión.
Coincidiendo con los cambios políticos en Europa del Este, a fines de 1989 las fuerzas de oposición de Gabón volvieron a reivindicar una apertura democrática. Tras violentos enfrentamientos callejeros el presidente enmendó la Constitución, eliminó el sistema de partido único y levantó la censura de prensa. Simultáneamente invitó a dirigentes opositores a formar parte del gabinete.
En mayo de 1990 el asesinato de Joseph Redjambe, presidente del opositor Partido Progresista Gabonés, provocó una fuerte revuelta contra el gobierno, con un saldo de seis muertos y 100 heridos. La región de Port-Gentil vivió durante diez días en estado de rebelión, París evacuó 5.000 franceses que residían en la ciudad, y el gobierno envió la guardia presidencial a restablecer el orden.
En junio se reunieron todos los sectores políticos y sociales en una Conferencia Nacional en la que se acordó celebrar elecciones presidenciales libres. Si bien fue una victoria de la oposición, que logró comprometer al presidente a realizar elecciones multipartidarias, Bongo adelantó la fecha de los comicios para fines de 1990 en vez de 1992, como deseaban los opositores. En su campaña se valió de una estructura consolidada en 20 años de gobierno, mientras la oposición, reprimida durante décadas, no tuvo tiempo de organizarse y se presentó dividida. En setiembre de 1990, el partido de Bongo –Partido Democrático Gabonés (PDG)– obtuvo la mayoría en la Asamblea Nacional. La nueva Constitución, aprobada en marzo de 1991, instauró formalmente el multipartidismo.
Durante 1991 el país fue sacudido por nuevos episodios de violencia política y social. Paralelamente, la crisis económica se profundizó, sin que los planes de estabilización y ajuste impulsados por el FMI y el Banco Mundial generasen expectativas entre los sectores sociales y políticos.
Las elecciones de 1993, en que triunfó Bongo nuevamente, fueron cuestionadas por la oposición. En febrero de 1994 se sucedieron las protestas y la represión dejó 30 muertos. Entre setiembre y noviembre de 1994 se constituyó un gobierno de coalición hasta la realización de elecciones libres.
En julio de 1995, en un referéndum, una reforma constitucional que determinó la realización de nuevas elecciones presidenciales y legislativas obtuvo 96% de los votos. Los comicios de diciembre de 1996 dieron al PDG 47 de los 55 escaños. Por su parte, el líder de la oposición política, el sacerdote Paul Mbá-Abessole se convirtió en alcalde de Libreville.
A pesar de que, gracias a los réditos de la explotación del petróleo, Gabón poseía un ingreso per capita de 3.490 dólares anuales, en 1997 la esperanza de vida no alcanzaba los 55 años y la tasa de mortalidad infantil ascendía a 87 por mil.
A principios de 1998, el alcalde Mbá-Abessole solicitó que la ONU supervisara las elecciones presidenciales de ese año, a fin de impedir «una reelección fraudulenta». La victoria fue una vez más para Bongo, quien derrotó a Mbá-Abessole y a Pierre-André Kombila.
Ante el continuo flujo de refugiados de la República del Congo, las autoridades reclamaron asistencia humanitaria a la ONU. Se estima que en octubre de 1999 había 10.000 asilados en el país.
En julio de 2000 la colisión de un carguero griego y uno francés en las costas gabonesas, provocó un derramamiento de 400 toneladas de petróleo.
Como otros países de África central y occidental, Gabón no escapa al tráfico de niños, provenientes en su mayoría de Nigeria, que trabajan en plantaciones, en el servicio doméstico, en el comercio sexual y en la calle.
En las elecciones parlamentarias de fines de 2001 el PDG logró una nueva y amplia victoria; obtuvo 84 de los 120 escaños de la Asamblea Nacional. Ante una invitación de Bongo, en enero de 2002 Abessole y sus partidarios dejaron la oposición para sumarse a la coalición de gobierno.
Unas 50 personas murieron en 2002, en la región norte, a causa de un brote de la fiebre de ébola. La región de Mekambo y la frontera con la República del Congo fueron las zonas más afectadas.
En enero de 2003, luego del triunfo del PDG en las elecciones legislativas de diciembre, Bongo se comprometió a dar mayor apertura a su gobierno. El 6 de mayo Faustin Boukoubi, ministro de salud pública, anunció que el brote de fiebre ébola había sido controlado.
En julio, una reforma constitucional habilitó al presidente a postularse a la reelección cuantas veces quisiera. El líder opositor Pierre Mamboundou reclamó la intervención de la comunidad internacional y aseguró: «las enmiendas son realizadas para asegurar la permanencia de Bongo en el poder». Desde la llegada de Bongo al poder en 1967 la Constitución había sido cambiada 16 veces.
En febrero de 2004, la petrolera francesa Total Gabón firmó un acuerdo con la china Unipec para exportar crudo al país asiático. La cooperación entre Libreville y Beijing había comenzado en 1974, con una visita de Bongo a China. A partir de setiembre, la industria petrolera del país registró una fuerte recuperación, debido a descubrimientos de nuevos yacimientos y al incremento de la producción.
En las elecciones presidenciales de noviembre de 2005, Bongo volvió a ganar por amplio margen, con cerca del 80% de los sufragios, y se convirtió –a los 69 años - en el mandatario africano que más tiempo llevaba en el poder. Los principales candidatos de la oposición, Mamboundou y el ex ministro Zacharie Myboto, calificaron de «fraudulenta» la votación.
El nuevo primer ministro gabonés, Jean Eyeghé Ndong, anunció en enero de 2006 la composición de su equipo de gobierno, que entre sus 49 miembros incluía 12 mujeres.
Los gobiernos de Gabón y Guinea Ecuatorial acordaron, en febrero de 2006, comenzar negociaciones sobre la soberanía de algunas pequeñas islas –potencialmente ricas en reservas de petróleo– del Golfo de Guinea.
El alto precio del petróleo y un ligero aumento en la producción de crudo generaron ingresos adicionales que culminaron, en julio de 2007, con la decisión de Libreville de cancelar su deuda externa –algo más de 2.300 millones dólares– con el Club de París.