Guinea-Bissau fue la primera colonia portuguesa de África que obtuvo la independencia, antes incluso del derrocamiento de la dictadura de António Salazar, gracias a la organización política y militar del Partido Africano para la Independencia de Guinea y Cabo Verde (PAIGC), fundado por Amílcar Cabral.
Luego de pertenecer a los imperios de Malí y Songhai, los pueblos del valle del Río Geba adquirieron una independencia sólo amenazada por la presencia portuguesa en la costa desde fines del siglo XV y por los fulanis de Coli Tenguela, en el siglo XVI. En el interior, el Reino de Gabú consiguió afirmar su independencia hasta el siglo XIX, mientras las poblaciones de la costa sufrían el tráfico de esclavos y el traslado forzado a las islas de Cabo Verde.
La resistencia al colonizador comenzó en el siglo XVI, cuando los portugueses se instalaron en Guinea («tierra de negros»), entonces habitada por oriundos del Reino de Mali, así como por poblaciones fulani y mandinga, organizadas en reinos en la región de las sabanas. En el siglo XVII, se entablaron los primeros contactos de los guineanos con los habitantes de Cabo Verde, escala obligada de los barcos de esclavos con destino a Brasil.
La colonización portuguesa de Guinea fue brutal. Como el país era pobre y pequeño, la agricultura y el comercio quedaron a cargo de un monopolio privado, la Unión Fabril. Los nativos fueron sometidos a trabajos forzados en la producción de exportación, mientras el área de los cultivos de subsistencia fue reducida. En la década de 1950, la mortalidad infantil alcanzó el índice de 600 muertes por cada 1.000 nacimientos. Había 11 médicos en todo el país y sólo el 1% de la población rural estaba alfabetizada. En la década de 1960, apenas 11 guineanos tenían educación secundaria.
En este cuadro, Amílcar Cabral fundó, en 1954, la Asociación de Deportes y Recreación, que dos años más tarde se convertiría en el PAIGC. Cabral llamó a guineanos y caboverdianos para la resistencia al colonialismo, con independencia del color de la piel, la raza o la religión. Después de tres años de inútiles tentativas de llevar a los portugueses a una negociación, el PAIGC inició la guerra de guerrillas, en setiembre de 1959. La lucha se amplió rápidamente y en 1968 los portugueses sólo controlaban la capital, Bissau, y las zonas costeras. Las zonas liberadas por el PAIGC eligieron una Asamblea Nacional Popular que proclamó la República Democrática, Antiimperialista y Anticolonialista de Guinea, el 24 de setiembre de 1973, reconocida por la Asamblea General de la ONU.
En febrero de 1973, en Conakry, capital de la República de Guinea, Cabral fue asesinado por agentes secretos portugueses. El líder guineano dejó una vasta producción de libros y estudios sobre la lucha de liberación de los pueblos africanos. Lo sucedió en el cargo Luiz Cabral, quien instaló el Consejo de Gobierno en el corazón de la zona liberada.
La independencia unilateral de Guinea-Bissau y el rápido reconocimiento por las Naciones Unidas impactaron las estructuras del colonialismo portugués. El general Antonio Spínola, comandante de los 55 mil soldados destacados en África, planteó la necesidad de cambios políticos en la metrópoli. En Bissau nació el Movimiento de los Capitanes, antecesor del Movimiento de las Fuerzas Armadas, responsable del derrocamiento del régimen dictatorial portugués el 25 de abril de 1974. Cuatro meses después, Portugal reconoció la independencia de Guinea-Bissau.
El gobierno del PAIGC diversificó la agricultura, para dar preferencia a la alimentación de la población. Nacionalizó el comercio exterior, implantó una reforma agraria e inició una campaña de alfabetización popular. En política exterior, Guinea-Bissau se definió por el no alineamiento, el fin del colonialismo en África y el apoyo incondicional a la lucha contra el apartheid. Se priorizó la integración económica con el archipiélago de Cabo Verde, con vistas a una futura fusión entre los dos estados.
En 1980 João Bernardino («Nino») Vieira, uno de los principales comandantes de la lucha guerrillera, encabezó un golpe de Estado y sustituyó a los organismos constitucionales por un Consejo de la Revolución.
Vieira interrumpió la fusión con Cabo Verde cuando ambos países discutían una constitución unitaria (ver Cabo Verde). El gobierno fue reconocido de inmediato por la vecina Guinea, con la cual el gobierno de Cabral había tenido fricciones por cuestiones de soberanía marítima, en una zona donde se presume la existencia de petróleo.
El primer plan de desarrollo (1983-1986) requirió una inversión inicial de 118,6 millones de dólares, 75% de los cuales provinieron del exterior. En 1984 comenzó la construcción de cinco puertos y se concluyó el aeropuerto de Bissalanca. El gobierno inició una campaña contra la corrupción y la ineficiencia de la administración pública, que llegó a los ministerios. El vicepresidente de la República, Víctor Saúde María, fue separado del cargo en 1984. La Asamblea Popular eliminó el cargo de primer ministro y el Consejo de la Revolución se transformó en Consejo de Estado.
El plan de estabilización aplicado desde 1984 fracasó con el consiguiente agravamiento de la situación económica y financiera. 60% de los ingresos del país provienen del dátil y el maní, cuyos precios internacionales cayeron abruptamente.
El gobierno adoptó medidas de congelación de salarios, reducción de la inversión pública, etc., cumpliendo con las exigencias del Fondo Monetario Internacional para refinanciar su deuda externa. Luego se abrió la economía al capital extranjero, para captar recursos de Portugal y Francia, en particular, destinados principalmente a las telecomunicaciones.
En febrero de 1991 el PAIGC aprobó una reforma política, que preveía la realización de elecciones en 1992. La creciente inestabilidad económica y política en 1992 hizo que el gobierno aplazara las elecciones, y en 1993 –tras el asesinato, en marzo, de un alto comandante militar– sufrieron un nuevo aplazamiento.
Finalmente, en 1994 João Bernardo Vieira derrotó a Kumba Ialá, del Partido de Renovación Social (PRS). Durante la campaña, Ialá lo acusó de apoyar al «tribalismo» y el racismo. En los comicios parlamentarios, el PAIGC de Vieira conquistó 64 de las 100 bancas. Por considerar que el partido gobernante había «comprado» votos, Ialá se negó a participar en un gobierno de unidad nacional. Ese mismo año se formó la Unión Económica y Monetaria de África Occidental, integrada por 8 países –con un mercado de 72 millones de consumidores– entre los cuales se encuentra Guinea Bissau.
En 1995, el FMI concedió un nuevo crédito de 14 millones de dólares para apoyar las reformas económicas. La visita del presidente senegalés Abdou Diouf en junio dio lugar a un acercamiento con Dakar; ambos países se pusieron de acuerdo para explotar recursos energéticos y minerales comunes.
A fines de 1995, Guinea-Bissau ratificó un acuerdo limítrofe con Senegal (firmado en 1993), que redefine sus fronteras marítimas y estipula la explotación conjunta de un área que, se presumía, podía ser rica en petróleo.
El país continuaba alojando en su territorio a los rebeldes independentistas del senegalés Movimiento de Fuerzas Democráticas de Casamance (MFDC). Sin embargo un ataque del ejército guineano, en enero de1998, contra un campo de refugiados en la frontera con Senegal hizo crecer los rumores de un acercamiento entre Bissau y Dakar.
En noviembre, los rebeldes y el gobierno firmaron un Acuerdo de Paz en Abuja, Nigeria. En enero de 1999 se reanudaron los combates en la capital, entre las fuerzas del rebelde general Ansumana Mané, acusado de armar a rebeldes senegaleses, y tropas del gobierno de Vieira. Después de cuatro días de sangrientos combates, que hicieron huir a casi toda la población de Bissau, se llegó al cese al fuego.
El 4 de mayo, la ONU le pidió a los países «donantes» que ayudaran a Guinea-Bissau a recuperarse después de ocho meses de guerra civil. Tres días después, sin embargo, Mané se alzó nuevamente, Vieira fue derrocado y pidió asilo político en Portugal. Los militares acusaron a Vieira de corrupción y traición. Desde Francia se condenó el golpe de Estado y se acusó a Mané de violar el Acuerdo de Abuja y el de Lomé, celebrado tres meses antes.
Cinco meses después del golpe se encontró una fosa común con 18 cadáveres en el poblado de Portogole, entre éstos el del ex-vicepresidente Correia. Mientras tanto, la junta de militares presentó pruebas ante Portugal por los «crímenes» de Vieira, en un intento de lograr su repatriación. El 17 de noviembre, a dos semanas de las elecciones nacionales, el general Mané afirmó que el presidente electo que no cumpliera con sus promesas sería inmediatamente depuesto.
En la segunda vuelta de las elecciones presidenciales, celebrada el 16 de enero de 2000, fue electo presidente Kumba Ialá, del populista PRS, con el 72% de los votos.
En noviembre Mané se autoproclamó jefe del Ejército e intentó dar un golpe de Estado, pero resultó muerto, junto con ocho de su partidarios, tras un tiroteo con fuerzas del gobierno en el pueblo de Quinhamel, a 30 kilómetros de Bissau.
El partido Resistencia de Guinea-Bissau-Movimiento Bafatá (RGB), segundo en cantidad de parlamentarios en la Asamblea Nacional, se retiró de la coalición de gobierno en enero de 2001. En mayo, tanto el FMI como el Banco Mundial suspendieron la ayuda monetaria, pues se habían «extraviado» millones de dólares en ayuda al desarrollo. En setiembre, Ialá destituyó al presidente de la Suprema Corte de Justicia y a tres jueces. En noviembre destituyó a su ministra de Relaciones Exteriores por criticarlo. En diciembre, acusado de un intento de golpe de Estado, el primer ministro Faustino Imbali fue destituido.
Ialá disolvió el parlamento en noviembre de 2002 y prometió elecciones anticipadas. En febrero de 2003, luego del arrestos de varios opositores, las elecciones se pospusieron hasta octubre.
Luego de una cuarta postergación de los comicios, el jefe del ejército, Verissimo Correia Seabre, encabezó en setiembre un golpe de Estado –sin violencia y con el apoyo general de la población–. Una junta militar nombró a las autoridades interinas que conducirían el gobierno de transición hasta las próximas elecciones parlamentarias –en marzo de 2004– y presidenciales –un año después–. Henrique Rosa, un economista que en 1994 había presidido la comisión electoral, fue nombrado presidente y Antonio Arthur Sanha, cabeza del PRS y abierto crítico del presidente derrocado, primer ministro.
En enero de 2004 Maria do Ceu Silva Monteiro fue nombrada presidenta de la Suprema Corte de Justicia, encargada de validar las elecciones de marzo, en las que ganó el PAIGC.
Un motín de soldados que reclamaban el pago de seis meses sueldos atrasados –por sus servicios en las fuerzas de paz en Liberia– y mejoras en la condiciones de las barracas, terminó con la muerte a golpes de los oficiales del ejército Verissimo Seabre –quien había comandado el golpe de Estado– y Domingos Barros, en octubre de 2004.
Tras seis años de exilio en Portugal, el ex presidente Vieira volvió al país en abril de 2005. Tres meses después, ganó la segunda vuelta de las presidenciales, con el 52,35% de los votos, frente al 47,65% de Malam Bacai Sanhá, del PAIGC.
El ex ministro del interior Marcelino Lopes Cabral fue arrestado, en abril de 2006, acusado de apoyar a los rebeldes senegaleses que, desde marzo, combatían con el ejército de Guinea Bissau a los largo de la frontera sur del país.
En marzo de 2007, un grupo de diputados oficialistas se escindió del partido de gobierno y creo una nueva coalición. Luego de perder el voto de confianza del parlamento, el primer ministro, Aristides Gomes, renunció a su cargo. Vieira nombró en su lugar al líder de la oposición, Martinho Ndafa Kabi, buscando de esta forma crear un gobierno de consenso para acabar con la crisis política.