Los croatas, tribu eslava, emigraron en el siglo VI d.C. desde la Croacia Blanca, región actual de Ucrania. Desde allí siguieron hacia el mar Adriático, donde conquistaron la plaza fuerte romana de Salona, en el año 614. Luego de establecerse en Panonia y Dalmacia, los croatas se liberaron de los ávaros y comenzaron su desarrollo independiente. Aunque el territorio era competencia del Imperio Bizantino, los croatas aceptaron a la Iglesia Católica Romana, y preservaron la liturgia eslava.
En el siglo VIII los croatas constituyeron dos ducados, Panonia y Dalmacia. Por la paz del año 812 entre francos y bizantinos, el primero fue subordinado al Imperio Franco y el segundo al de Bizancio. Ambos ducados se liberaron a mediados del siglo IX y se unieron formando el primer Reino croata independiente.
En el siglo IX se desarrolló un estado independiente croata. Durante el Reino de Tomislav (910-928) el mismo alcanzó un importante desarrollo militar. Tomislav y sus herederos enfrentaron al Imperio Búlgaro en Panonia y la expansión de Venecia por la costa dálmata. El Imperio Bizantino ayudó al rey Stjepan Drzislav (969-997) a defenderse de Venecia, y restableció su influencia en el Adriático. Petar Kresimir (1058-1074) rompió con Bizancio y fortaleció los vínculos con el papado. Época en la que Croacia alcanzó su máximo poder y expansión territorial.
Con el gobierno de Kresimir el país se dividió en un grupo a favor del rey y un grupo opositor, que contaba con el apoyo popular. Cuando Dimitrije Zvonimir intentó involucrar al reino en una guerra contra los turcos seléucidas, la oposición lo acusó de ser un vasallo del papado y lo asesinó en 1089. La guerra civil desatada entonces determinó el declive del reino.
Bizancio recuperó Dalmacia, Lazlo I de Hungría conquistó Panonia en 1091, en reivindicación de la corona croata, y en 1094 fundó una diócesis en Zagreb que se convirtió en centro del poder eclesiástico. Petar Svacic fue coronado por los dálmatas, pero el Papa lo consideró un rebelde y llamó a Kalmán de Hungría, quien invadió el país y derrocó a Svacic en 1097 (último rey de sangre croata).
Luego de una prolongada guerra, Kalmán firmó los Pacta Conventa (pactos acordados) con los representantes croatas. Sólo Bosnia, que era parte del Reino Croata, se negó a someterse a un extranjero. Desde entonces, durante ocho siglos, Croacia quedó vinculada a Hungría. Dalmacia se unió a Venecia en el 1400, que la gobernó por cuatro siglos más.
Tras la derrota de las fuerzas croatas y húngaras, en Krbavsko Polje (1493) y Mohacs (1526), la mayor parte de Panonia y Hungría central cayeron en manos turcas.
La dominación turca modificó la composición étnica de Panonia. Muchos croatas emigraron hacia el norte, incluso dentro de Austria, mientras los turcos asentaron a germanos y húngaros, así como dieron facilidades a serbios que huían de los Balcanes.
Los turcos retrocedieron en el siglo XVII y Austria quiso limitar los derechos estatales de Croacia y Hungría, y convertirlos en provincias dentro del imperio. Las noblezas croata y húngara, unidas, se resistieron y conspiraron para organizar un movimiento independentista, intento que fracasó. Los líderes croatas fueron ejecutados y sus tierras distribuidas entre nobles extranjeros.
Después de la anexión de Rijeka (Fiume) en los años 1770, Hungría buscó imponer su lengua, pero provocó la reacción de los croatas. A su vez, la Revolución Francesa y las guerras napoleónicas, que incorporaron Dalmacia y Panonia y la parte situada al sur del río Sava, al Imperio Francés, estimularon el nacionalismo croata. Cayó Napoleón y las relaciones entre Hungría y Croacia se volvieron críticas.
En 1848, el Parlamento húngaro tomó severas medidas sobre la autonomía de Croacia. La Dieta Croata (Parlamento) disuelta en 1865 declaró la separación de Hungría, abolió la servidumbre y aprobó la igualdad de derechos para todos los ciudadanos. El enfrentamiento con los croatas, cuyas tropas llegaron a entrar en Hungría, debilitó a las fuerzas de la Revolución Húngara de 1848 e hizo más fácil a los Habsburgo recuperar el poder.
Con la división de la corona, germanos y húngaros eran las naciones dominantes del Imperio Austro-Húngaro. En 1868, Hungría aceptó la unión de Croacia, Eslavonia y Dalmacia como unidad política diferente dentro de la corona, pero Austria siguió quedándose con Dalmacia.
Con el siglo XX, los croatas nacionalistas intensificaron su actividad. Una alianza de líderes croatas y serbios adoptó la Decisión de Rijeka; programa de acción con el que se ganó las elecciones de 1906. A su vez, el Partido Campesino Croata comenzó a movilizar políticamente a este sector. La corona respondió con un aumento en la represión.
En 1915, líderes croatas, serbios y eslovenos formaron en París el Comité Yugoslavo, en favor de la separación del imperio y la unión con Serbia independiente. La derrota de Austria-Hungría en la guerra, aceleró la creación del Reino Yugoslavo en 1918.
La Dinastía Serbia aplicó una política de fusión que atentaba contra la independencia y la autonomía de los croatas. Éstos pretendían la creación de una federación yugoslava. Desde 1920, el Partido Campesino, liderado por Stjepan Radic, encabezó la oposición hasta que fue asesinado en 1928.
Yugoslavia fue desmembrada por Hitler en 1941, durante la Segunda Guerra Mundial. El ejército alemán desató una campaña racista contra serbios, judíos, gitanos y croatas.
La resistencia dirigida por los comunistas organizó comités locales. Tras la ocupación de Zagreb por las guerrillas, en mayo de 1945, el Consejo Antifascista de Liberación Nacional de Croacia asumió el gobierno. A fines de ese año, el país se unió a la nueva República Popular Federal de Yugoslavia.
A fines de 1980, la Liga de los Comunistas de Yugoslavia (LCY) renunció al monopolio que le asignaba la Constitución. En abril de 1990 se dieron las primeras elecciones pluripartidistas desde la Segunda Guerra Mundial (para la historia de la República Popular Federal de Yugoslavia, ver Serbia y Montenegro).
Los comunistas fueron derrotados por la Unión Democrática Croata (UDC), liderada por Franjo Tudjman. En 1991 Croacia declaró su independencia aunque la CEE y EE.UU. no la reconocieron. Los serbo-croatas del este tomaron el control de la tercera parte del territorio y expulsaron a los croatas, con ayuda del ejército yugoslavo. Croacia apoyó a los bosnio-croatas contra los serbo-bosnios, y luego contra los musulmanes, durante la guerra en Bosnia-Herzegovina (1992-95). Los serbios declararon la república de Krajina nuevo miembro de la federación Yugoslava.
En 1992, por medio de la Comunidad Europea, fue posible un plan de paz entre Serbia y Croacia. En mayo, la ONU reconoció a las ex repúblicas yugoslavas, Croacia, Eslovenia y Bosnia-Herzegovina. A fines de 1992, el líder serbo-bosnio Radovan Karadzic anunció la formación de la República Serbia de Bosnia-Herzegovina y la república Serbia de Krajina, lo que condujo a nuevas hostilidades. La guerra de Croacia causó miles de muertes civiles. A fines de 1993 Tudjman y el presidente Izetbegovic de Bosnia-Herzegovina firmaron un cese el fuego.
Tudjman, reelecto presidente en 1992, restauró, en 1996, las relaciones diplomáticas con Serbia. Si bien la ocupación croata de Krajina fue considerada una de las mayores operaciones de limpieza étnica de la guerra en la ex Yugoslavia, en mayo de 1996 el tribunal de crímenes de guerra de La Haya sólo había juzgado, en ausencia, a ocho croatas.
Tudjman murió en 1999 y, en enero de 2000, su partido, la UDC, fue derrotado por una coalición de socialdemócratas y social-liberales. En febrero, Stjepan Mesic, del Partido Popular Croata, al acceder a la presidencia, anunció la intención de que Croacia se uniera a la OTAN y a la Unión Europea.
En febrero de 2001, cientos de miles de personas, liderados por veteranos de guerra, protestaron por los intentos de arresto al general Mirko Norac, sospechoso de crímenes de guerra. La derecha acusó al gobierno de traición, intentando derribar a Mesic y del primer ministro Ivica Racan. Éste último, fue cuestionado por cumplir con el pedido del Tribunal de La Haya de extraditar a los generales Ademi y Gotovina acusados de crímenes de guerra. El parlamento le permitió a Racan seguir en su cargo.
La UDC triunfó en noviembre de 2003 sobre la coalición de centroizquierda liderada por el ex primer ministro Ivica Racan. El nuevo líder, Ivo Sanader, afirmó que mantendría responsablemente las obligaciones internacionales incluyendo la cooperación con el tribunal de crímenes de guerra de la ONU. Un punto clave presentado en la campaña de gobierno fue la intención de ingresar a la OTAN en el año 2006, y formar parte de la Unión Europea en el 2007.
El líder serbio, Milan Babic, fue condenado a 13 años de cárcel, en junio de 2004, por el tribunal de La Haya, por su participación en crímenes de guerra perpetrados contra no serbios, durante su mandato en la autoproclamada República Serbia de Krajina, a inicios de la década de 1990. Babic fue acusado de participar en reiteradas «limpiezas étnicas». Según el juez que presidió el tribunal, Alphons Orie, Babic fue responsable de la muerte de más de 200 civiles, incluyendo mujeres y niños, y de confinar y encarcelar a cientos de civiles en condiciones inhumanas.
La UE comenzó, en diciembre de 2004, las conversaciones con Croacia para su incorporación al bloque, en marzo de 2005.
Mesic recibió un fuerte espaldarazo al triunfar en las elecciones presidenciales de enero de 2005. Estuvo a punto de ganar en primera vuelta, cuando recibió el 49% de los votos. En la segunda ronda derrotó a la vice primer ministro Jadranka Kosor por 66 a 34%. Si bien las plataformas electorales de Mesic y Kosor eran casi idénticas (mejorar la economía, desarrollar relaciones armoniosas con los países, ingresar a la UE, fue Mesic quien logró el apoyo de los candidatos de centro.
El no arresto del general Ante Gotovina, requerido por las cortes internacionales por crímenes de guerra, aplazó el ingreso de Croacia a la UE. En octubre se dio el visto bueno para continuar las conversaciones de incorporación y, en diciembre, Gotovina fue arrestado en España. En Croacia, el general era considerado un héroe desde que, en 1995, reconquistara la región de Krajina.
En junio de 2007, el Tribunal Internacional de Crímenes de Guerra de la Haya declaró, a el ex líder rebelde serbio, Milan Martic, culpable de asesinatos y persecuciones mientras estuvo al frente de la policía de la autoproclamada República Serbia de Krajina. Martic fue sentenciado a 35 años de prisión, y se convirtió en el primer dirigente de Krajina en ser procesado por el Tribunal de la Haya.