Vestigios arqueológicos señalan a Indonesia como uno de los primeros lugares de la Tierra poblados por el homo sapiens. La población actual se origina, sin embargo, en migraciones malayas que hacia el año 400 habían constituido reinos en Java (Jawa) y Sumatra (Sumatera), con influencia cultural y religiosa de la India. El apogeo de la civilización indonesia tuvo lugar en el siglo XV con el reino de Mojopahit, que se extendía por Java, Bali, Sumatra y Borneo e incluso más al este, en contacto comercial y cultural con China.
Desde fines del siglo XIII el archipiélago fue islamizado, no por las armas de conquistadores árabes sino por el atractivo de una fe igualitaria, simple y adaptable a las condiciones locales. Los comerciantes islámicos llevaron las especias indonesias a Europa y con ello tentaron a los colonialistas.
En 1511 llegaron los portugueses a Malaca, en 1521 los españoles a las Molucas y en 1595 intereses privados holandeses -el país se acababa de independizar de España y buscaba sus fuentes propias de especias- organizaron la primera expedición. En 1602 varios grupos mercantiles holandeses fundaron la Compañía General de las Indias Orientales, que no sólo obtuvieron del gobierno el monopolio comercial con la región sino también un mandato colonial.
Durante los siglos XVII y XVIII Indonesia se convirtió en campo de rivalidades entre hispano-portugueses, holandeses e ingleses, que también crearon su propia Compañía. Estas compañías introdujeron en las islas cultivos comerciales de café y azúcar, que comenzaron a dar excelentes resultados económicos, pero conmocionaron la estructura económica y social local -hasta entonces respetada- con el consiguiente estallido de revueltas anticoloniales. Hacia fines del siglo XIX el caucho, la palma oleaginosa y el estaño fueron los principales renglones de exportación. Las industrias, en cambio, no comenzaron a instalarse hasta la Segunda Guerra Mundial, cuando Holanda no era capaz de abastecer el consumo local.
Por presión de sectores nacionales, en diciembre de 1916 se creó el Consejo del Pueblo o Volksraad, donde se podían presentar mociones para acrecentar los derechos de los nativos. En general no se las tomaba en cuenta, pero alentaron la participación política.
En 1939 se constituyó el GAPI -Gabungan Politik Indonesia- una coalición de ocho organizaciones nacionalistas que reclamaba democracia, autonomía y unidad nacional -se adoptó la bandera roja y blanca, y el bahasa Indonesia como idioma nacional- en el marco de la lucha antifascista.
Holanda fue invadida por Alemania poco después de estallar la Segunda Guerra Mundial y Japón hizo lo propio en Indonesia en 1942. Los japoneses se presentaron a la población como «hermanos asiáticos» y liberaron a líderes nacionalistas presos como Sukarno y Mohammed Hatta. El 11 de agosto de 1945 (cuatro días antes de la capitulación) invistieron a Sukarno y Hatta con plenos poderes para organizar un gobierno local.
El 17 de agosto se declaró la independencia de Indonesia, que sería una república «independiente, unida, soberana, justa y próspera». Pero los Países Bajos intentaron volver a su colonia y estalló el conflicto, con activa solidaridad de los árabes e indios hacia la guerrilla independentista. Gran Bretaña intervino, del lado holandés, pero Estados Unidos presionó por una solución negociada.
En 1949, ante la imposibilidad de reconquistar el control militar, la metrópoli aceptó una transferencia parcial de soberanía, bajo la forma de una confederación entre Indonesia y los Países Bajos.
En 1954, esta unión –que nunca llegó a funcionar plenamente– fue denunciada por el gobierno de Sukarno, y el archipiélago conquistó su soberanía total. Su gobierno empezó a su vez a desarrollar una política colonizadora en la región, y en 1963 Indonesia ocupó el Irian Occidental –la mitad «holandesa» de la isla de Nueva Guinea– ante la negativa de La Haya de abandonar la colonia. La independencia de Indonesia, junto con la de la India y Pakistán, la Revolución Cubana, la nacionalización del Canal de Suez y las derrotas francesas en Dien Bien Phu y Argelia, marcaron la irrupción del Tercer Mundo en la escena política mundial. Sukarno participó activamente de este movimiento y fue en la ciudad indonesia de Bandung donde, en 1955, se reunieron por primera vez los principales líderes tercermundistas.
Apoyado por el Partido Comunista –que, con 3 millones de afiliados, era el más poderoso de Asia después del chino– Sukarno emprendió planes de desarrollo de corte nacionalista, orientados a elevar el nivel de vida de una población que tenía uno de los más bajos ingresos per cápita del mundo. El petróleo, entonces en manos de la trasnacional anglo-holandesa Royal Dutch-Shell, debía ser la base de la nueva política económica, y Sukarno fundó la empresa estatal PERTAMINA.
En 1965 se anunció la nacionalización del petróleo. En octubre de ese año un grupo de militares, liderados por el general Suharto, tomó el poder, con el pretexto de evitar la «penetración comunista». El sangriento golpe dejó un saldo estimado en 700 mil muertos y casi 200 mil prisioneros políticos.
Privado de toda autoridad, Sukarno permaneció nominalmente como presidente hasta 1967 –murió en 1970–, cuando Suharto fue promovido en forma oficial a la jefatura del Estado. Éste entregó la prospección petrolera nuevamente a las corporaciones extranjeras. Pero el alza del precio de los hidrocarburos, la política económica liberal y la afluencia de capitales, si bien llevaron a un aumento del ingreso nacional, profundizaron la diferencia entre ingresos altos y bajos. Millones de campesinos del país tuvieron que abandonar sus tierras y engrosaron las villas miseria de las ciudades grandes.
En 1971 los estudiantes ganaron las calles, desafiando la represión, para denunciar la alianza entre generales corruptos, comerciantes chinos e inversores japoneses. Intentando apaciguar las disidencias con una bandera de unidad nacional, en 1975 Suharto ordenó la invasión de la parte oriental de la isla de Timor, recién independizada de Portugal. Pero el pueblo de Timor no recibió a los indonesios como libertadores, sino como nuevos colonialistas. La tenaz resistencia de los timorenses, en vez de resolver, agravó los problemas internos de Indonesia.
En mayo de 1977 el descontento volvió a manifestarse en las elecciones de representantes. Pese a la proscripción de los partidos de izquierda, la censura y demás medidas represivas, el partido oficialista Golongan Karya (Golkar) perdió en Jakarta frente a una coalición de partidos musulmanes que habían criticado duramente la corrupción y vio disminuir considerablemente su electorado en las zonas rurales.
Para asegurarse el triunfo en las legislativas de 1982 el régimen restringió aún más la actividad política y volvió al sistema electoral dependiente del Ministerio del Interior. En marzo de 1983, la Asamblea Consultiva del Pueblo, por unanimidad, eligió a Suharto para su cuarto mandato de cinco años como presidente, a pesar de la creciente oposición.
Una política de control de natalidad llevó a una reducción del crecimiento de la población: mientras que en 1984 éste era de 2,3%, entre 1980 y 1990 fue promedialmente de 1,8%. Aún así, la presión demográfica, especialmente en la isla de Java, combinada con una radical apertura económica hacia el mercado mundial y una industrialización rápida, llevaron a un deterioro del medio ambiente y el agotamiento de tierras agrícolas. A partir de 1979 el gobierno respondió con un proyecto de transferencia de poblaciones denominado «Transmigrasi». Se inició la migración de 2,5 millones de javaneses a islas menos pobladas.
En la década de 1980 más de 300 grupos étnicos vieron caer su calidad de vida. Se dieron protestas intensas por parte de la población de Irian Jaya, que reclamaba su derecho a la autodeterminación y libre circulación hacia el territorio vecino de Papúa-Nueva Guinea, con el que sentían mayor afinidad histórica y cultural.
En 1991 los enfrentamientos entre el ejército y los movimientos de liberación de Adeh en Sumatra se agudizaron con un llamado del comandante del ejército al exterminio de los insurgentes. En marzo de 1992 se produjo una ofensiva armada de varios grupos separatistas en la provincia de Irian Jaya. Simultáneamente, Estados Unidos otorgó 2.300.000 de dólares para el entrenamiento de las fuerzas de seguridad de Indonesia.
En marzo de 1993 la Asamblea Consultiva Popular eligió por sexta vez a Suharto –quien había ganado las elecciones de 1988– Presidente.
En 1996 el enfrentamiento electoral subió aún más de tono, con denuncias sobre el enriquecimiento ilícito de la familia presidencial y sus amigos. Los militares veían a los grupos islámicos, así como a Sukarnoputri, como la mayor amenaza al régimen de Suharto.
A principios de 1997, la población de Indonesia llegó a los 200 millones de personas. El gobierno anunció que proseguiría su programa de traslado de población de las regiones con mayor densidad demográfica a otras menos pobladas.
El Golkar arrasó en las elecciones parlamentarias de 1997, al obtener 74% de los votos (325 de los 400 cargos). El nuevo parlamento incluyó a 12 parientes del presidente Suharto –seis hijos, dos esposas, dos cuñados, un hermano y un primo–, y a numerosos socios o allegados al mandatario. En marzo de 1998 el parlamento reeligió a Suharto.
Una fuerte crisis bursátil aumentó la inflación y provocó un riesgo de hiperinflación. La moneda había perdido 50% de su valor desde mediados de 1997. El aumento de precios afectó sobre todo a productos de primera necesidad y la situación social se deterioró. Entre octubre de 1997 y marzo de 1998, 2 millones de personas perdieron su empleo. Tras meses de protestas y una dura represión –hubo cientos de muertos–, Suharto renunció a su cargo en mayo de 1998 y fue sustituido por Bacharuddin Jusuf Habibie.
En octubre, violentas protestas estudiantiles que exigían el pasaje a la democracia y la destitución del jefe del ejército, Wiranto, se adueñaron de la capital. Cinco estudiantes resultaron muertos en enfrentamientos con fuerzas anti-motines. En las presidenciales de octubre de 1999 ganó Abdurramán Wahid, quien hasta entonces era líder de la organización musulmana Nahdlatul Ulama. Uno de los primeros actos de Wahid fue ofrecer, en noviembre, una amplia autonomía y un aumento en el apoyo económico a Aceh, en caso de que ésta decidiera permanecer en el marco de la actual Indonesia, y fijó para siete meses más tarde la realización de un referéndum, semejante al efectuado en agosto de ese año en Timor Leste (ex Timor Oriental; ver Timor Leste).
Wahid se vio envuelto de inmediato en escándalos financieros, que en agosto de 2000 llevaron al Parlamento a disponer una investigación sin precedentes. El parlamento comenzó gestiones para juzgar a Wahid y destituirlo, pero abandonó el intento en febrero 2001, cuando miles de personas tomaron las calles apoyando al presidente y pidiendo se desmantelara al opositor partido Golkar.
En Kalimantán, al mes siguiente, combatientes de la etnia local dayak tomaron el control de partes de la provincia, en el peor brote de violencia en la región desde 1997. En una semana murieron por lo menos mil refugiados madureses y decenas de miles se vieron forzados a abandonar sus hogares.
En mayo, el parlamento, único órgano legislativo del país, votó por 365 contra 4 el comienzo de los procedimientos para destituir a Wahid, quien se negó a renunciar y declaró el estado de emergencia, que no fue acatado ni por la policía ni por el ejército.
Veintiún meses después de que asumiera el gobierno, y luego de que la Corte Suprema sentenciara la declaración de estado de emergencia como inconstitucional, una votación de MPR (Asamblea Consultiva) de los 591 miembros asistentes (sobre un total de 700) acordó destituir a Wahid, en julio de 2001. La Vicepresidenta Megawati Sukarnoputri, hija de Sukarno, asumió la presidencia.
En agosto, la Presidenta pidió disculpas a las provincias de Aceh y Papúa Occidental –explotadas durante décadas por Jakarta a causa de sus recursos naturales: petróleo y gas en Aceh y riquezas minerales en Papúa Occidental–, pero aseveró que nunca les permitiría escindirse, como hiciera Timor Oriental dos años atrás.
En enero de 2002, Jakarta inauguró una corte de derechos humanos para juzgar al ejército por las atrocidades perpetradas en Timor Oriental. Tres generales, incluyendo al comandante en la fecha de las masacres, Adam Damiri, comparecieron ante el tribunal que, según sus creadores, «era mejor que una Corte Internacional». En mayo, Timor asumió su completa independencia de Indonesia.
En marzo, Tommy Suharto, hijo del ex-presidente, fue acusado de asesinar a un juez de la suprema corte que lo había sentenciado a prisión bajo cargos de corrupción, en una severa prueba para el sistema legal y judicial del país, todavía considerado vulnerable a la corrupción.
Más de 200 personas, la mayoría turistas, murieron en octubre como resultado del ataque con bomba a un club nocturno en Bali. El mismo día, otra bomba explotó cerca del consulado de Estados Unidos en Sanur, sin ocasionar víctimas. De los atentados se culpó al grupo Jemaah Islamiyah (JI), supuesto brazo local de la islamista red al-Qaeda. El gobierno dio amplios poderes a la policía para perseguir a presuntos terroristas. Ese mismo mes, acusado de haber ordenado atentados contra la iglesia y de estar complotando para asesinar a la Presidenta Sukarnoputri, fue arrestado Abu Bakar Ba'asyir, líder espiritual de JI, lo que llevó a enfrentamientos entre sus partidarios y la policía.
En diciembre de 2002 el gobierno de Jakarta y el separatista Movimiento de Liberación de Aceh (GAM) firmaron un acuerdo de paz en Ginebra que intentaba poner fin a 26 años de violencia. En mayo de 2003 las negociaciones fracasaron, el gobierno montó una ofensiva militar contra los rebeldes e impuso la ley marcial en la provincia.
En agosto de 2003 una explosión frente a un hotel en Jakarta mató a 14 personas. El ataque fue atribuido a Jemaah Islamiyah.
En setiembre, dos miembros de JI fueron sentenciados a pena de muerte por el atentado en Bali. Abu Bakar Ba'asyir fue condenado a 5 años de prisión por otros delitos; no se probó su vinculación con los atentados, lo que llevó a que varios gobernantes cuestionaran el compromiso de Indonesia en la lucha contra el terrorismo. JI había nacido en 1970, cuando Suharto requirió la ayuda de extremistas islámicos para luchar contra el «peligro comunista».
En setiembre de 2004 un coche-bomba explotó en la entrada de la embajada australiana en Jakarta, Indonesia. Nueve personas murieron y 180 fueron heridas, en un atentado del que se responsabilizó a Jemaah Islamiya.
En el mismo mes, en la segunda vuelta de la primera elección directa del país, el general retirado Bambang Yudhoyono obtuvo una ajustada victoria. El ex ministro de seguridad prometió un ambicioso programa de reformas para erradicar del país el nepotismo, el terrorismo y la endémica corrupción.
Un maremoto masivo (tsunami) devastó Asia del Sur en diciembre de 2004. Para Indonesia el cataclismo resultó en hecatombe: hubo 220 mil muertos y más de 130 mil personas desaparecidas. La isla occidental de Sumatra fue la más cercana al epicentro. Docenas de edificios fueron destruidos en el movimiento inicial, anterior al maremoto. La onda golpeó las provincias de Aceh y Sumatra del Norte.
En marzo de 2005, Ba'asyir fue encontrado culpable de conspiración por los atentados de Bali de 2002. La Corte sentenció al clérigo musulmán a 2 años y medio de prisión. Un nuevo terremoto en Sumatra mató al menos a mil personas –la mayor parte de ellas en la isla de Nias–.
A mediados de agosto, un acuerdo de paz entre el gobierno y el separatista Movimiento de Liberación de Aceh permitió que, a fines de ese mes, fueran liberados unos 1.500 prisioneros vinculados al movimiento armado.
El encuentro de Yudhoyono con su par tirmorés Xanana Gusmao permitió, en febrero de 2006, encauzar las relaciones entre ambos países, luego de que un informe de ONU sobre los 47 años de ocupación de Timor Leste, acusara a las fuerzas indonesias de complicidad en la muerte de unos 180 mil timoreses.
En mayo de 2006, un fuerte sismo en la isla de Java dejó más de 6.000 muertos y 200 mil personas sin hogar, desbordando la capacidad de los servicios de emergencia.
Un fiscal inició en 2007 acciones civiles contra el ex-presidente Suharto por la desaparición de unos 440 millones de dólares de un fondo de becas durante sus más de tres décadas de gobierno.