Los san, primeros habitantes nómades del actual Lesotho, poblaron el sur de África hace 2000 años. Entraron en contacto con los bantúes, que migraron a esas tierras hacia el siglo IV d.C. Para el siglo XVI d.C. ambos grupos dominaban la cuenca del río Caledon.
Las conquistas zulúes, comenzadas en 1818 por Chaka, afectaron a muchos pueblos bantúes, entre ellos los sothos, que poblaban el actual Transvaal. Una parte se retiró al norte, mientras otras tribus sotho y grupos zulúes disidentes (bajo el mando del jefe de la tribu bakwene, Moshoeshoe) se instalaron en los montes Drakensberg. Una larga guerra de resistencia, primero contra los zulúes y, a partir de 1839, contra los boers, consolidó sus lazos. Dieron a Moshoeshoe el título de «Gran Jefe de la Montaña» y se llamaron a sí mismos basothos.
A mediados del siglo XIX los boers (colonos holandeses instalados en Sudáfrica) intentaron infructuosamente obligar a los nativos a trabajar en sus tierras.
La colonización holandesa en Sudáfrica parecía destinada al fracaso cuando en 1867 se descubrieron diamantes y, poco después, oro. No demoró la llegada de los ingleses y, en 1868, los misioneros británicos convencieron al Rey basotho Moshoeshoe I de convertir el reino en protectorado (con el supuesto propósito de salvarlo de los intentos esclavizadores holandeses). El territorio quedó administrativamente separado del de Sudáfrica, aunque ambos eran controlados por Inglaterra luego de la «Guerra de los Boers» de 1899.
Entre 1939 y 1945, durante la Segunda Guerra Mundial, 20 mil basothos sirvieron en las fuerzas británicas.
Gran Bretaña prometió al gobierno de Pretoria que tanto Basutolandia como Bechuanalandia (hoy Botswana) y Swazilandia, se integrarían a Sudáfrica. Pero cuando la Unión Sudafricana rompió los vínculos con Londres en 1961, consolidando el apartheid, los ingleses prefirieron independizar a estos países. En 1956 se promulgó una Constitución en Basutolandia y en 1966 el país proclamó su independencia, con el nombre de Lesotho.
Al ser un enclave dentro de Sudáfrica, Lesotho dependía de ella para la salida de sus productos. Las empresas sudafricanas controlaban la economía y las comunicaciones. El rand sudafricano era la moneda corriente.
Con un volumen de importaciones diez veces superior al de las exportaciones, la diferencia se compensaba con lo que enviaban al país los emigrantes (un 45% de la fuerza laboral trabajaba en las minas de oro sudafricanas.
Esta situación económica dio la victoria al opositor Partido del Congreso en las elecciones legislativas de 1970. El primer ministro Leabua Jonathan disolvió el parlamento y exiló al Rey Moshoeshoe II, quien sólo pudo volver cuando prometió no participar en actividades políticas.
Luego del levantamiento estudiantil de 1976 en Soweto, Sudáfrica, miles de jóvenes sudafricanos se refugiaron en Lesotho. Cuando Sudáfrica inició su política de «bantustanización», Lesotho se negó a reconocer la supuesta independencia del estado fantoche, creado en Transkei (ver Sudáfrica). En represalia, Sudáfrica cerró la frontera a comienzos de 1977. La situación económica se tornó dramática y Lesotho apeló a la solidaridad internacional.
Tras la independencia de Zimbabwe en 1980, Lesotho se unió al proyecto de integración económica regional impulsado por los países de la Línea del Frente y estrechó relaciones con Mozambique.
Ello provocó nuevas represalias de Sudáfrica, que dio apoyo abierto a los grupos contrarios al gobierno de Jonathan, forzándolo a pedir la ayuda de las Naciones Unidas y de la Comunidad Económica Europea. El Partido Nacional de Basotho (PNB) enfrentó también la oposición de los grupos vinculados al fundador del Partido del Congreso de Basotho (PCB), dirigido por Ntsu Mokhele.
Los incidentes –obra de militares sudafricanos interesados en impedir que los refugiados antiapartheid, del Congreso Nacional Africano - CNA, se organizaran en Maseru (ver Sudáfrica)– desembocaron, en diciembre de 1982, en un ataque en el que perdieron la vida 45 personas, doce de ellas niños, en los suburbios de la capital. Murieron tres dirigentes del CNA; el resto era gente sin vinculación política.
Desde 1982, el gobierno implantó una legislación de emergencia. Se reforzó el ejército y la policía, mientras un grupo paramilitar llamado Koeko reprimía a los adeptos del PCB en las montañas Drakensberg. El PCB abandonó la línea nacionalista de los años setenta y cayó en una profunda crisis. Muchos líderes recibieron ayuda sudafricana.
En marzo de 1983, el intento de sabotaje a la principal usina eléctrica provocó un incidente fronterizo entre tropas de Lesotho y de Sudáfrica. El gobierno de Pretoria intensificó las presiones para que Lesotho firmara un tratado de no agresión con Sudáfrica, como el que el régimen del apartheid suscribió con Swazilandia y Mozambique. Jonathan estaba en contra del tratado, pero la dependencia económica lo obligó a adoptar una actitud flexible.
A fines de 1984 el gobierno sudafricano retuvo armas importadas de Europa por Lesotho, enlenteció las remesas de dinero de casi 400 mil emigrantes de El Cabo, y retardó los planes para la construcción de una represa en el río Sengu, en la frontera de los dos países. Las presiones pretendían fortalecer la oposición al PNB, principalmente el Partido Democrático Basotho (PDB), de derecha, y el PCB (originalmente de izquierda).
Las medidas no satisficieron a Pretoria y el 20 de enero de 1986 el general Justin Lekhanya, jefe de las fuerzas paramilitares de Lesotho, derrocó al gobierno de Leabua Jonathan, y encabezó el Comité Militar que lo sustituyó.
En 1988, los trabajadores residentes en Sudáfrica remitieron a Lesotho más de 350 millones de dólares, o sea 500% del valor de las exportaciones totales del país.
En marzo de 1990, el régimen militar exilió al Rey Moshoeshoe, acusándolo de obstaculizar el programa de democratización. Su hijo, Bereng Mohato Siisa, asumió como Letsie III. El 30 de abril de 1991 otro golpe militar derrocó al gobierno de Lekhanya e instaló un Consejo dirigido por el coronel Elías P. Ramaema.
Sudáfrica cortó en 1991 las remesas de los emigrantes. En mayo, una manifestación contra la injerencia extranjera terminó con 34 muertos y 425 detenidos.
Una nueva constitución, en 1993, designó Jefe de Estado al rey, sin adjudicarle poderes legislativos ni ejecutivos. Las elecciones legislativas de julio otorgaron el total de las bancas al PCB. En agosto con un préstamo del FMI se inició la privatización de empresas paraestatales.
Soldados descontentos por el plan del gobierno de integrar el ala armada del PCB al ejército asesinaron al ministro de Finanzas.
En agosto el rey disolvió el gobierno y el parlamento. Ante la oposición interna republicana y la presión internacional, Letsie III abdicó en favor de su padre. Moshoeshoe II recobró el trono en enero de 1995.
Ese año se completó parte del proyecto, financiado por el Banco Mundial, para abastecer de agua la cuenca del río Baal en Sudáfrica, usando las aguas que bajan de las montañas Maloti, a partir de 1997.
En enero de 1996 el rey murió en un accidente automovilístico. Un mes más tarde la asamblea designó en su lugar a su hijo Letsie III. Cuatro políticos de la oposición fueron acusados de traición en marzo, y de haber planeado un golpe contra el gobierno desde setiembre de 1995.
Las elecciones de mayo de 1998 fueron ganadas por el oficialismo, ahora llamado Congreso por la Democracia de Lesotho (CDL). La oposición (que ganó un escaño de 80) las denunció como fraudulentas. El general Pakalitha Mosisili fue electo primer ministro. En setiembre, parte del ejército se plegó a las protestas y el gobierno solicitó ayuda a Sudáfrica, que envió sus tropas. Luego de calmar violentamente la situación, Sudáfrica cobró un millón de dólares por la intervención.
En diciembre de 1998 se conformó un cuerpo con representantes del gobierno y la oposición, para organizar nuevas elecciones y revisar la legislación electoral. Las tropas sudafricanas, junto a un pequeño contingente botswano, terminaron de retirarse en mayo de 1999.
En abril 2001, el presidente de Sudáfrica, Thabo Mbeki, viajó a Lesotho para mejorar las relaciones entre los países. La intervención militar de 1998 hizo que la oposición no viera con buenos ojos la visita.
En marzo de 2002, luego de meses de especulaciones, el rey anunció elecciones parlamentarias generales para el 25 de mayo. En ellas, el CDL obtuvo el 55% de los votos contra el 22% del PNB.
Tras tres años de lucha contra las enormes sequías registradas en el país, miles de personas estaban padeciendo por la hambruna. En febrero de 2004, Mosisili declaró el estado de emergencia y pidió ayuda internacional.
Las primeras elecciones locales desde la independencia, en abril de 2005, fueron boicoteadas por la oposición –que alegó falta de tiempo para la preparación de los comicios–. En junio, la Comisión Europea aprobó una ayuda de un millón de euros a Lesotho; la misma estaba destinada al reparto de alimentos entre los más necesitados.
El ministro de relaciones exteriores, Monyane Moleleki, quien se perfilaba como el sucesor de Mosisili fue baleado en enero de 2006 por un desconocido, a la salida de su casa.
El gobernante CDL ganó las elecciones de febrero de 2007 en forma arrolladora, conqistando 61 de los 80 escaños elegidos directamente. La Convención de Todos los Bashoto, de Tom Thabane, consiguió 17.