Los moldavos son descendientes de los pueblos romanizados del sur de Europa Oriental. El cronista bizantino Juan Skilitsa mencionaba en el año 976 d.C. a los volojos como sus antecesores. A mediados del siglo XIV los volojos del nordeste formaron su Estado, independiente del reino húngaro, en el territorio de Bukovina del Sur. El primer gospodar (gobernante) del principado de Moldova fue Bogdán (1356-1374), aunque la leyenda atribuye su fundación a Dragos.
En la segunda mitad del siglo XIV, los moldavos se liberaron de la dominación húngara y de los khanes tártaros, y ampliaron su territorio. A comienzos del siglo XV Moldova tenía la frontera occidental, en el río Dniéster (Dnestr), la del sur, en el mar Negro y el Danubio, y la del oeste, en los Montes Cárpatos.
El pequeño principado, dentro de la órbita de intereses de estados más grandes, fue dependiente de Hungría, Polonia y el Imperio Otomano. La religión oficial era la ortodoxa. La lengua oficial, llamada eslavo-eclesiástica, no sólo se usaba para las celebraciones religiosas sino en la documentación oficial y la enseñanza.
Moldova logró sus mayores éxitos políticos y económicos en el reinado de los gospodares Alejandro Dobri El Bueno (1400-1432) y Esteban III El Grande (1457-1504). En ese período guerreó contra Hungría, Polonia y el Khanato de Crimea. Pero el máximo peligro era el expansionismo de Turquía, que en 1484 le arrebató territorios clave, le dio el nombre turco de Akerman y creó los rayá, enclaves regidos por los turcos.
A comienzos del siglo XVI, Moldova perdió su independencia estatal y reconoció el poder del sultán turco, aunque conservó autonomía en el marco del Imperio Otomano. Bukovina estuvo bajo el poder turco hasta 1775, Besarabia hasta 1812 y el resto del principado de Moldova hasta 1878. Turquía le arrebataba a Moldova un territorio tras otro y, a mediados del siglo XVIII, esta última había perdido más de la mitad de sus territorios, entre los ríos Prut y Dniéster.
La pérdidas territoriales, el aumento de los tributos pagados a los sultanes y las invasiones de las tropas turcas y tártaras, que asolaban las ciudades y aldeas moldavas, servían de estímulo a la lucha antiturca. Los gospodares Petra Rares (1527-38, 1541-46), Ioann Voda Liuti (1572-74) y Dmitri Kantemir (1710-11) se enfrentaron con Turquía. Moldova se vio obligada a aliarse a las grandes potencias que se oponían a Turquía (Hungría, Austria, Polonia y especialmente Rusia). En 1711 Dmitri Kantemir se unió, con su ejército moldavo, a las fuerzas del zar ruso Pedro el Grande.
Todas las guerras entre Rusia y Turquía en los siglos XVIII y XIX guardaban relación con Moldova. Los otomanos, por desconfiar de los moldavos, empezaron a entronizar en Moldova a los griegos fanariotas (de Fanar, suburbio de Estambul), cuyos reinados duraron hasta 1821. Hubo sangrientas guerras ruso-turcas en territorio moldavo (1735-1739, 1768-1774, 1787-1791) y muchos moldavos combatieron en el ejército ruso.
Según el Tratado de Paz de Jassi (1791), la orilla izquierda del Dniéster al sur del río Yagorlik, que entonces no pertenecía al Principado de Moldova (hoy territorio moldavo), pasó a Rusia. Durante la segunda división de Polonia (1793), entre Rusia, Prusia y Austria, Rusia se quedó con otra parte de la orilla izquierda del Dniéster. Después de la Guerra Ruso-Turca de 1806-1812 y la Paz de Bucarest, Rusia se apoderó del territorio entre el Prut y el Dniéster (Besarabia). La población musulmana fue desterrada y así se puso fin a las invasiones turcas a Besarabia.
A lo largo del siglo XIX, la población de Besarabia creció de 250 mil a dos millones y medio de habitantes. A fines del siglo, los moldavos eran la mitad de la población de esa provincia. Había también un número importante de ucranianos y rusos, así como búlgaros, alemanes, judíos, gagaúzos (musulmanes). En el período de las guerras ruso-turcas de 1828-1829, 1877-1878 y en la Guerra de Crimea (1853-1856), de Rusia contra Turquía, Inglaterra y Francia, Besarabia era la retaguardia del ejército ruso. Según el Tratado de Paz de París (1856) parte de Besarabia del Sur adyacente al Danubio y el Mar Negro se incorporó al Principado de Moldova, que en 1859 se unificó con Valaquia y formó el Estado de Rumania. En 1878, según el Tratado de Berlín, ese territorio fue devuelto a Rusia.
A partir 1866 dejó de enseñarse la lengua moldava. Tras la Revolución Rusa de 1905 se autorizó nuevamente su enseñanza. El 2 de diciembre de 1917 se proclamó la República Popular Moldava y entraron en Besarabia las tropas rumanas, que derrocaron al poder soviético local. Entre diciembre de 1917 y enero de 1918, el poder soviético se restableció en Moldova. En diciembre, Besarabia se incorporó a Rumania y, a fines de enero, se proclamó la independencia de la República Moldava.
En las décadas de 1920 y 1930 el territorio de la Moldova actual estuvo dividido en dos partes desiguales. Besarabia era parte del Reino Rumano, la orilla izquierda del Dniéster pertenecía a la URSS. En octubre de 1924 se formó la República Autónoma Moldava en Ucrania. En Moldava se lograron éxitos en el desarrollo de la industrialización y la cultura, mientras Besarabia, como parte de Rumania, quedó estancada.
En junio de 1940, Besarabia fue incorporada de nuevo a la URSS. En agosto se fundó en la URSS la República Socialista Soviética de Moldava (SSR Moldava), como resultado de la unión de la parte central de Besarabia y la República Autónoma de Moldova. Las partes norte y sur de Besarabia, junto con la zona oriental de la República Autónoma de Moldova, quedaron en Ucrania. En junio de 1941, las tropas nazis penetraron en la URSS; Rumania hizo alianza con Hitler y recuperó toda la Besarabia, hasta el Dniéster y el Odessa. Tres años más tarde, al debilitarse Alemania, el Ejército Rojo recuperó la Besarabia y la Bukovina del norte.
En Moldova comenzó su carrera política Leonid Brezhnev, quien luego de desempeñarse como dirigente del Partido Comunista local llegó a ocupar la secretaría general del Partido Comunista de la Unión Soviética (PCUS) y después, de manera simultánea, hasta 1983, la presidencia de la URSS.
Tras la apertura iniciada por el presidente soviético Mijaíl Gorbachov en 1985, surgieron los problemas políticos y étnicos en Moldova. Desde 1988, el Movimiento Democrático de Apoyo a la Perestroika comenzó a reivindicar el retorno a la escritura latina de la lengua moldava. Los nacionalistas moldavos exigían el fin de privilegios de los residentes rusos, o abiertamente que se fueran a su tierra natal. El 10 de noviembre de 1989, el parlamento aprobó la Ley de la Lengua Oficial en un clima de gran tensión. Se agudizaron las tendencias separatistas en el Dniéster, con alta proporción de rusos, y en Gagaucia, habitada por los gagaúzos. La ley proclamó el moldavo como lengua oficial para los asuntos políticos, económicos, sociales y culturales, al tiempo que relegó al ruso solamente para los medios de comunicación.
El 27 de agosto de 1991, el gobierno de Moldova declaró su independencia de la URSS. Un mes después, se autoproclamaron las repúblicas independientes del Dniéster (Transnistria) y la Gagaucia, opuestas a la independencia de Moldova y a su unión con Rumania.
En diciembre, se realizaron las primeras elecciones presidenciales, en las que fue elegido Mircea Snégur. En marzo de 1992 Moldova fue admitida como nuevo miembro de la ONU.
El espectro político se dividió entre las fuerzas que se pronunciaban por la unificación con Rumania y quienes insistían en la independencia. En las elecciones parlamentarias, los partidos independentistas obtuvieron amplia mayoría y en agosto entró en vigencia la nueva Constitución, que declaraba al Estado independiente y democrático.
En 1995, el presidente Snégur aceleró el programa de privatización de empresas públicas y facilitó el ingreso de capitales extranjeros, pero no logró mayores adhesiones a su política y, en los comicios de noviembre de 1996, fue derrotado por Petru Lucinschi, quien prosiguió con las reformas económicas.
Lucinschi inició, en 1999, una nueva etapa de privatizaciones, al poner a la venta el monopolio de las telecomunicaciones y el sector eléctrico, que estaban plagados de ineficiencias.
Tras ganar el Partido Comunista las elecciones, Vladimir Voronin asumió como presidente en abril de 2001 y Vladimir Tarlev fue nombrado primer ministro. Una de las primeras medidas del gobierno fue la enseñanza del ruso como lengua obligatoria –en un país donde 70% de la población hablaba rumano–.
En noviembre de 2003, una propuesta de Moscú de federalizar al país para dar cierta autonomía a Transnistria volcó a las calles a la oposición nacionalista, antes y aún después de que el presidente Voronin se negara a firmar el acuerdo. La oposición acusó al presidente de favorecer acercamientos con Moscú (que mantenía en la región 2.500 soldados y un gran depósito de misiles y artillería) y solicitó fuerzas de paz. Los partidarios de Voronin, por su parte, acusaron a Washington y la UE de utilizar la fragilidad de esa zona para expandir su influencia en el este.
Moscú condicionó en 2004 el retiro de sus tropas de Transnistria a una previa solución acordada del conflicto. En julio, las autoridades transnistrias cerraron una serie de escuelas que utilizaban, en sus aulas, el alfabeto latino –oficial del país– en lugar del cirílico –considerado oficial por quienes defienden la independencia de la región–. El gobierno central impuso sanciones económicas a Transnistria.
En vísperas de las elecciones de marzo de 2005, las relaciones entre Chisinau y Moscú empeoraron. Voronin expulsó a 20 ciudadanos rusos, acusándonos de espionaje, y no permitió el ingreso de 100 observadores rusos para los comicios. La posición de Voronin y su Partido Comunista -muy poco afín a la antigua ideología soviética y cada vez más volcada hacia la UE- se afianzó tras la victoria electoral. Voronin fue confirmado para un segundo período como presidente y Tarlev continuó como primer ministro.
Chisinau, a través del parlamento, pidió que Rusia retirase todas sus tropas para finales de 2006. La declaración se emitió tras una sesión especial del parlamento moldavo para discutir un plan para la región propuesto por el presidente ucraniano, Viktor Yushchenko.
En obediencia a los requerimientos de la UE sobre control del contrabando, el gobierno comenzó a exigir, en marzo de 2006, que todos los productos que ingresaran al país –incluidos los que lo hacían desde Ucrania por Transnistria– tuvieran documentación aduanera en regla. Las autoridades transnistrias consideraron la medida una sanción económica encubierta. A su vez, Chisinau, denunció que la decisión de Moscú de suspender la importación de vino moldavo –arguyendo motivos de salud– tenía motivaciones políticas.
En 2007, el país atravesó la peor sequía en 50 años. La falta de precipitaciones afectó al 80% del territorio; además, en julio las temperaturas rondaron los 40 grados durante dos semanas consecutivas. Voronin decretó que las importaciones de trigo, harina y cebada dejarían de pagar aranceles, en un intento de garantizar la producción de pan, base de la canasta familiar. A su vez, el gobierno solicitó la ayuda inmediata a la comunidad internacional para evitar una crisis alimentaria; la mayor parte de la producción del país se había perdido.