En la región sahariana de Malí (mitad norte del territorio), se encontraron restos de piedras pintadas y talladas antes del 5000 a.C. De esa era data un esqueleto humano hallado en 1927, cerca de la ciudad de Timbuktú.
Desde el siglo III, caravanas de mercaderes de plumas, marfil, oro y esclavos (destinados a la extracción de sal) atravesaban el desierto del Sahara, con destino a los actuales Marruecos y Argelia, luego de contornear el río Níger, que poseía importantes depósitos de oro.
Entre los siglos IV y XI, las rutas comerciales a través del Sahara malí fueron controladas por el Imperio Ghana (soninque), que se asentó entre los ríos Níger y Senegal. Testimonio de esta civilización negra son las estatuas de terra-cotta de la ciudad de Djenné, esculpidas en el siglo VIII. En 1076, los almorávides (cofradía de monjes islámicos guerreros y dinastía bereber) acabaron con el imperio soninque.
En el siglo XII, la hegemonía almorávide fue absorbida por el Imperio Malí (malinque, etnia negra africana). Desde la zona media y norte del recorrido del río Níger, los malinques dominaron las rutas del desierto y en 1255 este imperio ocupaba los actuales Senegal, Gambia, Guinea-Bissau, parte de Guinea, la mitad de Mauritania, el sur de Argelia y todo Malí.
El Imperio Malinque comenzó a declinar en el siglo XV, con el ascenso del Imperio Songhai (de etnia negra), que se arraigó en la zona comprendida entre Timbuktú y la actual ciudad de Gao y logró controlar la totalidad del territorio malí entre los siglos XV y XVI. Bajo la influencia songhai, florecieron las ciudades de Djenné y Timbuktu, como centros comerciales y académicos dedicados al estudio del Islam.
En 1591, el ejército marroquí de Ahmad al-Mansur se apropió de los dominios del Imperio Songhai, donde impuso su autoridad durante unos dos siglos. Durante ese período llegaron a la región la mayoría de los grupos bereberes como los tuareg –el pueblo más numeroso, cuyos miembros son nómades en la actualidad– y los «moros» (árabes-bereberes).
A la destrucción de la hegemonía songhai siguió una época de caos político, en la que los marroquíes dispersaron los escritos de las bibliotecas de Timbuktú y ejecutaron a los intelectuales songhai. También interrumpieron el tránsito del Sahara y establecieron nuevas rutas, destinadas a abastecer de oro y esclavos a los puestos europeos de la costa atlántica.
Las autoridades de Marruecos se desentendieron de los invasores, y en 1737 los tuaregs lograron imponer su dominio en la zona de la curva del río Niger. En 1833, el reino del pueblo fulani (animistas, de etnia negra, convertidos al Islam en 1810), cuya influencia se extendía desde el siglo XVII sobre Côte d'Ivoire y Senegal, derrotó, definitivamente, a los marroquíes. Los fulani eran pastores nómades. Los que aún son pastores se encuentran dispersos en África occidental; la mayoría conserva sus creencias animistas.
El siglo XIX, en Malí, estuvo marcado por la penetración colonial francesa desde el oeste (Senegal), al tiempo que por las guerras entre grupos islámicos (jihads), a partir de la implantación de un Estado teocrático por parte de la Dinastía Fulani de Macina.
Los franceses levantaron su primer fuerte en Malí en 1855. Combinando incursiones militares y alianzas parciales con grupos locales rivales entre sí, dominaron el territorio, que luego se llamaría Sudán francés (actuales Malí, Burkina Faso, Benín y Senegal).
El debilitamiento de Francia y el «clima democrático» reinante al concluir la Segunda Guerra Mundial, propició la emergencia de organizaciones anticolonialistas que, en el caso de África, se plasmaron en la Agrupación Democrática Africana, fundada en la conferencia de Bamako en 1945, bajo el liderazgo de Modibo Keita.
En la década siguiente, bajo el impacto de la derrota del colonialismo francés en Dien Bien Phu, Vietnam (1954) y de la Revolución Argelina (1954-62), París realizó concesiones que condujeron a la independencia y a la proclamación, en agosto de 1960, de la República de Malí.
Ese mismo año Mobibo Keita asumió la presidencia y encabezó la Federación de Malí, a la que se unieron los presidentes de Senegal (Senghor) y de Côte d'Ivoire (Houphouet-Boigny). Los tres dirigentes, educados en Francia, pretendieron diseñar un programa común que llamaron «socialismo africano», pero sus discrepancias en torno a las relaciones de sus países respectivos con Francia, la URSS y China abortaron el proyecto.
Keita optó por expropiar y estatizar todos los sectores de la economía. Su gestión no revirtió las condiciones de atraso económico y social, ni sentó una estructura política sólida. En 1967, el presidente, al borde del colapso financiero y político, inició negociaciones con Francia. En noviembre de 1968, el coronel Moussa Traoré, a la cabeza del Comité Militar de Liberación Nacional, tomó el poder mediante un golpe militar.
Traoré prohibió la actividad política. Hasta ese momento, la democracia parlamentaria jamás se había ejercido plenamente. En 1974 una nueva Constitución, que estipulaba seis años de mandato presidencial, fue aprobada por referéndum, con 99,8% de los sufragios. La votación tuvo lugar en un marco de proscripción de la oposición y encarcelamiento de los seguidores de Keita, quien murió recluido el 16 de mayo de 1977. Su muerte motivó una manifestación sin precedentes en Bamako, donde la multitud acompañó sus restos desafiando al régimen.
En 1979, la reelección de Traoré motivó movilizaciones estudiantiles. La represión dejó un saldo de tres estudiantes muertos, un centenar de presos y 13 torturados. A partir de ese fecha, Traoré, a través de la Unión Democrática del Pueblo Malí (partido títere de la junta militar), aplicó fórmulas de austeridad propuestas por los bancos internacionales y el FMI.
En 1988, la deuda externa representaba 125% del PBI y su servicio superaba las exportaciones en 25%. Ese mismo año, siguiendo lineamientos del FMI, el gobierno comenzó a privatizar la banca –operación que financió Francia–. Las autoridades anunciaron una reducción en el personal de la administración central y la venta de empresas estatales, al tiempo que se reestructuró el equipo de gobierno.
El 10 de abril de 1991 una rebelión popular y militar contra el régimen de Traoré llevó al poder al teniente coronel Amadou Tumani Touré al frente de un Consejo de Transición de Salvación del Pueblo (CTSP), con la promesa de transferir el gobierno a los civiles a principios de 1992.
En junio de 1991 la insurrección de los tuaregs en el norte y de los moros en el este exacerbaron las tensiones en la sociedad. En julio, tras un intento de golpe de Estado por parte de un sector de las fuerzas armadas, Touré concedió un aumento salarial de 70% a soldados y funcionarios civiles. En abril de 1992, el premier firmó un acuerdo de paz con los Movimientos y Frentes Unificados de Azauad, que aglutinaban a cuatro grupos de oposición tuareg.
El 26 de abril de 1992, Alpha Oumar Konaré, líder de la Alianza para la Democracia en Malí (ADEMA), fue electo presidente en las primeras elecciones multipartidarias desde la independencia. De todas maneras, éste continuó con la política económica del gobierno.
La persecución de que fueron objeto provocó un éxodo de 120 mil tuaregs que se dispersaron entre Argelia, Mauritania, Níger y Burkina Faso (país con el que Malí se enfrentó, en 1985, en una guerra fronteriza). En 2002, Amnistía Internacional había denunciado que miles de tuaregs habían sido ejecutados y encarcelados sin juicio previo. A partir de 1995, las autoridades y los tuaregs entablaron negociaciones que en 1996 desembocaron en la desmovilización de 2.700 guerrilleros tuaregs y el retorno progresivo de los refugiados.
En mayo de 1997, Konaré resultó reelecto presidente con 95,9% de los votos. La oposición alegó no contar con las garantías necesarias para postularse y boicoteó las elecciones, así como las locales, que se llevaron a cabo en 1998. Ese año, Moussa Traoré y su esposa fueron acusados de apropiación indebida y abuso de confianza, y condenados a muerte, pena que fue conmutada por cadena perpetua.
En enero de 2000, se desbarató un intento de golpe de Estado y pocos días más tarde el presidente decidió incorporar militares en su gabinete. Al mes siguiente, Mande Sidibe, un economista y ex funcionario del FMI, fue nombrado primer ministro.
Las elecciones de abril de 2002 fueron objeto de denuncias por fraude y otorgaron la victoria a Touré (con 64,4% de los votos). Sin embargo, el gabinete de gobierno de «unidad nacional», que formó Touré con 22 organizaciones minoritarias, renunció en bloque en octubre de ese año. Este episodio no fue explicado por ninguno de los involucrados.
A fines de 2003, el gobierno implementó la liberación de 40 rehenes (turistas alemanes, en su mayoría), secuestrados por el grupo integrista islámico autónomo Salafistas para la Predicación y el Combate, en el marco de un operativo contra el gobierno de Argelia. La organización argelina a la que pertenecían los secuestradores figuraba entre los grupos catalogados por Washington como «terroristas».
En abril de 2004, tras un enfrentamiento entre la armada malinesa y un grupo islámico –que estaría aliado con la organización al-Qaeda– el gobierno renunció en pleno a pedido del presidente Touré. Ousmane Issoufi Maiga fue nombrado primer ministro.
La plaga de langostas que arrasó en noviembre con todos los cultivos, así como la falta de lluvias, impidieron el buen crecimiento de las nuevas cosechas. Esto, aunado a la pasividad de la comunidad internacional, provocó una gran crisis humanitaria en el país. Millones de ciudadanos se vieron amenazados por la grave inseguridad alimentaria y el trastrocamiento de los mercados.
Debido a una medida del Banco Mundial, junto al FMI y al Banco Africano de Desarrollo, tomada en marzo de 2006, pero que empezaría a regir en julio de 2006, Malí, junto a otras 12 naciones africanas vio cancelada su deuda con estos organismos.
El presidente Touré alcanzó la reelección en primera vuelta, en abril de 2007, obteniendo 72% de los votos. Entre sus promesas electorales figuraba la implementación de microcréditos para las pequeñas empresas.