El principal recurso natural de Malta es su posición geográfica. La isla ha sido históricamente una pieza clave en todos los conflictos por el dominio del Mediterráneo. Su ubicación entre Túnez y Sicilia la convierte en llave de los caminos del mar entre Oriente y Occidente. Fenicios, griegos, cartagineses, romanos y sarracenos ocuparon sucesivamente la isla en la antigüedad.
En 1090, los normandos la conquistaron para el Reino de Sicilia, que pasaría, tres siglos más tarde, al Reino español de Aragón. En el siglo XVI la defensa de la isla fue confiada a la Orden de los Caballeros de San Juan del Hospital (Hospitalarios), los que, desalojados de Palestina se instalaron en Malta en 1574. Permanecieron allí más de dos siglos –siendo conocidos como Caballeros de Malta– hasta que los franceses los expulsaron en 1798. El Congreso de Viena en 1815 reconoció formalmente el carácter de «Soberana Orden de Malta», y consagró la soberanía inglesa sobre la isla.
Desde principios del siglo XX los malteses lucharon por su independencia. En 1921, tras una rebelión popular, Londres aceptó cierto grado de autonomía, revocada al comenzar la Segunda Guerra Mundial.
La isla sirvió de base a la contraofensiva aliada sobre Italia. En 1947, Londres concedió nuevamente la autonomía.
La independencia se declaró el 8 de setiembre de 1964, pero Gran Bretaña continuó ejerciendo una fuerte influencia sobre la vida política de la isla. En 1971 llegó al gobierno el Partido Laborista y se ampliaron las relaciones diplomáticas. Las fuerzas de la OTAN fueron desalojadas ese año y, posteriormente, Malta se incorporó al Movimiento de Países No Alineados.
Desde el inicio de la administración laborista se adoptaron medidas para disminuir la influencia de la Iglesia. El episcopado era dueño del 80% de los inmuebles y controlaba la enseñanza. Un conflicto estalló en 1983 cuando el gobierno expropió sus posesiones y decretó la enseñanza laica a nivel de primaria. En 1985 el gobierno y la Iglesia firmaron un acuerdo que preveía la gradual vigencia de la laicidad en la secundaria.
El Partido Nacionalista alcanzó el poder en mayo de 1987, Edward Fenech-Adami fue designado primer ministro.
Adami fue reelecto en 1992, pero perdió su puesto en 1996, cuando el Partido Laborista ganó las elecciones y Alfred Sant se convirtió en primer ministro. Sant retiró a Malta de la OTAN y afirmó que su país utilizaría su neutralidad constitucional para promocionar la estabilidad y la seguridad en la región mediterránea.
El gobierno de Sant duró dos años. En 1998, un voto de censura desde la oposición provocó la caída del gobierno y se convocó a elecciones. La victoria del Partido Nacionalista puso de vuelta a Adami en el puesto de primer ministro. Su primera medida fue reactivar el pedido de ingreso de Malta a la UE, congelado por el gobierno de Sant.
El 24 de marzo de 1999, Guido de Marco, canciller, fue promovido a presidente por el parlamento. Ese año, la UE aceptó formalmente la solicitud de ingreso en el congreso anual en Bruselas, y más tarde autorizó el inicio de las negociaciones finales.
Malta se convirtió en el primer país en abolir la pena de muerte para todos los delitos en el nuevo milenio al promulgarse, en marzo de 2000, la Ley de las Fuerzas Armadas (Enmienda) 2000.
El debate entre ingresar o no a la UE se dirimió el 8 de marzo de 2003 en un referéndum en el que una escasa mayoría de malteses (53,6%) determinó que el país integraría la UE. Finalmente, el 1º de mayo de 2004, Malta ingresó a la UE.
Durante 2005, Malta recibió más de 1.500 peticiones de asilo por parte de africanos. Un aumento demográfico de 1.500 personas era estimable para un país, como Malta, de 400 mil habitantes y el tercero en el mundo en densidad demográfica, lo que llevó a la isla a pedir ayuda a los países europeos. La inmigración sirvió de excusa para la creación de un partido de extrema derecha, inexistente hasta entonces, el Alleanza Nazionali Republikana, que convocó a la primera manifestación anti-inmigrantes.
En julio de 2007, Malta y Chipre terminaron de implementar las políticas que les permitirían adoptar el euro como moneda a partir de 2008. Los estrictos criterios tomados en cuenta por los ministros europeos incluían el control de la inflación, de las tasas de interés, la deuda, el déficit y la estabilidad monetaria.