En el siglo I a.C., tribus bantú invadieron la región sudeste de África, habitada por tribus twa y fulani. Entre los siglos XIII y XV, nuevas oleadas migratorias bantúes que dominaban el hierro usaron este conocimiento para prevalecer sobre los pobladores originales.
En 1480, las tribus bantú reunían varios estados pequeños bajo la forma de una confederación que ocupaba gran parte de Zambia, Mozambique y todo el actual Malawi.
En el siglo XVII, llegaron los primeros exploradores portugueses desde el actual Mozambique. En 1790 y hasta 1860, se incrementó dramáticamente el tráfico de esclavos en la zona.
Hacia 1835 la expansión zulú empujó hasta las márgenes del lago Malawi a los ngoni-ndwandé, lo que dio origen a 60 años de prolongadas guerras.
El país, explorado por David Livingstone en 1859, sufrió una tentativa de ocupación portuguesa en 1890, frenada por Inglaterra, que pretendía el territorio para su proyecto de unir Sudáfrica y Egipto con una cadena continua de colonias. En 1891, a través de la Compañía Británica de Sudáfrica (BSA), de Cecil Rhodes, pasó a ser el Protectorado de Nyassalandia.
En 1893, se cambió el nombre a Protectorado Británico de África Central. Los europeos obtuvieron tierras a muy bajo costo para plantaciones de café, con grandes incentivos fiscales. Los africanos trabajaban las tierras en condiciones durísimas.
En 1907, el Protectorado pasó a ser Nyassalandia.
Líderes nacionalistas crearon el Congreso Africano de Nysalandia (CAN) en 1944. El 23 de octubre de 1953, preocupados por sus acciones y las de algunos liberales blancos, los ingleses unificaron el territorio con la Federación de Rhodesia.
Hastings Kamuzu Banda («el Mesías Negro») asumió el liderazgo del CAN en 1958, a su regreso de EE.UU., donde se había graduado en medicina.
En 1959 se fundó, reemplazando al CAN, el Malawi Congress Party (MCP) con Banda a la cabeza. El partido planteó como alternativa la independencia nacional. Dos años después del triunfo del líder en las elecciones para una Asamblea Constituyente de 1961, Banda asumió como primer ministro.
Para evitar las divisiones internas, ampliaron la autoridad de Banda en el partido. Cuando la colonia se independizó, el 6 de julio de 1964, Banda ejerció un poder autocrático sobre el MCP y el país. Estableció estrechos vínculos económicos y diplomáticos con los gobiernos racistas de Sudáfrica y Rhodesia y la administración portuguesa de Mozambique.
Sudáfrica se convirtió en el principal comprador de té y tabaco y sus inversionistas construyeron carreteras, ferrocarriles y la nueva capital. Los ejecutivos sudafricanos administraban la línea aérea, los servicios de información y desarrollo y gran parte del aparato estatal.
En junio de 1978, en las primeras elecciones en 17 años, todos los candidatos debían pertenecer al MCP y salvar un examen de inglés, lo que excluyó al 90% de la población.
La independencia de Zimbabwe, en 1980, cambió la situación de Malawi. Banda perdió la estrecha relación económica con Sudáfrica. A raíz de ello, y en razón de las conexiones ferroviarias con Zimbabwe y Mozambique, el gobierno de Lilongwe se asoció a los países de la Línea de Frente en la SADCC.
En lo interno, la situación fortaleció a la Liga Socialista de Malawi (LESOMA), partido que alentaba la ruptura de los lazos económicos y políticos con Sudáfrica y el fin de la dictadura. El partido creó en 1980 un núcleo guerrillero, a la vez que ganaba fuerza el Movimiento por la Libertad de Malawi (MAFREMO), liderado por Orton Chirwa.
En 1983, tanto Chirwa como Attati Mpakati, el líder de la LESOMA, fueron condenados a muerte, en rebeldía, acusados de conspiración. Poco después, Mpakati fue asesinado por agentes sudafricanos mientras visitaba Harare. Chirwa y su mujer fueron secuestrados en Zambia, donde vivían exiliados y encarcelados en Blantyre.
Asesorado por Sudáfrica e Israel, Banda creó la Special Branch (policía secreta). El presidente controlaba, además, la economía, con 33% de las empresas en su poder.
Amnistía Internacional denunció, en 1988, el encarcelamiento de académicos y escritores por motivos políticos, entre ellos Jack Mapanje, el poeta más importante del país. Estados Unidos canceló, en noviembre de 1989, 40 millones de dólares de deuda externa.
Los ajustes recomendados por el FMI redujeron la inflación y el déficit de la balanza de pagos, y aumentaron las inversiones, pero esta política agravó la situación de los sectores más pobres.
En 1990 y 1991, terremotos e inundaciones agravaron la escasez de alimentos de la población rural (90% del total).
En febrero de 1992 la Iglesia Católica criticó en una carta pastoral la situación de los derechos humanos y reclamó libertades políticas. Blantyre se convirtió luego en escenario de levantamientos populares, duramente reprimidos.
El dirigente opositor Chafuka Chihana, de la Alianza para la Democracia, fue detenido al retornar al país, en abril de 1992. Una intensa campaña internacional impidió su fusilamiento.
En mayo, una brutal represión contra una huelga general provocó 38 muertos y un centenar de heridos. Como consecuencia, el Banco Mundial congeló parte de la ayuda financiera.
El oficialista Congreso de Malawi, único en concurrir a las elecciones de junio de 1992, obtuvo 114 diputados en la Asamblea General.
En junio de 1993, el Comité de Asuntos Públicos (CAP) obligó a Banda a fijar para ese mes el referéndum con el fin de elegir entre un sistema de partido único y un sistema multipartidario. Cerca de dos tercios de los votos fueron por el cambio. Banda liberó ese mes a Vera Chirwa (la más antigua presa política de África), esposa del disidente asesinado. Banda no dimitió, pero prometió elecciones presidenciales en 1994.
El 17 de mayo de 1994, 4 millones de malawianos eligieron al nuevo presidente y 177 miembros del Parlamento, en las primeras elecciones multipartidarias desde la independencia del país.
Ganó el opositor Bakili Muluzi, y su partido, el Frente Democrático Unido (United Democratic Front), obtuvo 84 de los 177 escaños en la cámara. En setiembre, Banda, cuyo partido conquistó sólo 55 bancas, abandonó la actividad política.
Durante todo el año 1994, una importante sequía provocó gran escasez de alimentos. Con una situación social cada vez más difícil, el gobierno continuó la reducción del gasto público preconizada por el FMI. En enero de 1995 el ex presidente Banda fue arrestado, acusado del asesinato de tres ex ministros.
Malawi, junto a otras 11 naciones africanas, inició conversaciones en 1996, buscando conformar un área de libre comercio. El gobierno anunció que revocaría las leyes que afectaran a inversores extranjeros en áreas rurales.
En 1997, Estados Unidos comenzó a entrenar tropas de Malawi para crear una «fuerza de paz» africana.
La estación seca, que afectó a vastas regiones africanas, desecó casi totalmente al río Shire, uno de los principales del país.
En elecciones plagadas de irregularidades, fue reelecto Muluzi, en junio de 1999, mientras su partido obtuvo 93 de las 192 bancas. A fines de febrero de 2000, el presidente pidió la renuncia de todos los ministros, algunos de los cuales, como Cassim Chilumpha (de Economía), eran considerados poco confiables por los países que aportaban ayuda para el desarrollo.
En 2002 se declaró el estado de desastre nacional, ante la gran cantidad de muertes producidas por la escasez de alimentos, debido a la pérdida de cosechas por sequías e inundaciones. El gobierno fue acusado de haber malvendido las existencias de grano a Kenia, y de obligar a la población a consumir los granos verdes. Las dificultades de distribución aumentaron por las inundaciones y el mal estado de caminos y vías de tren. En una población con 70% de personas padeciendo hambre los niños y los ancianos fueron los más perjudicados.
El ministro Thengo Magoya confesó, en febrero de 2003, que a lo largo de diez años había perdido tres hijos, víctimas del SIDA, y que era hora de que los habitantes aceptaran que esta pandemia estaba diezmando la población.
En agosto de 2003, se creó la opositora Genuina Alianza para la Democracia, con disidentes parlamentarios.
A comienzos de 2004, el vicepresidente Justin Malewezi renunció y se unió a la oposición, en el inicio de la campaña para las elecciones presidenciales.
Las elecciones presidenciales de mayo de 2004 dieron el triunfo a Bingu wa Mutharika del Frente Democrático Unido. En los comicios parlamentarios el MCP ganó 60 de los 193 asientos.
Ese mismo mes, la Coalición Mgwirizano apeló ante la Corte Suprema, alegando manipulación de los resultados y otras graves irregularidades, exigió que se repitieran los comicios. Los observadores de la UE declararon estar convencidos de la necesidad de transparencia en el conteo de votos y que las elecciones fueron libres pero no justas.
Al menos cuatro personas habían muerto durante las protestas realizadas tras los comicios.
El segundo grupo opositor del país, el Partido del Congreso de Malawi (PCM,) inició por su parte otra demanda legal, exigiendo se supiera la verdad sobre lo sucedido en las elecciones, a fin de que las irregularidades no volvieran a suceder.
El ministro de educación en funciones, Yusuf Mwawa, fue arrestado en mayo de 2005 por utilizar, según se lo acusó, fondos públicos para pagar su boda. Los cargos fueron abuso de administración pública, robo por parte de un funcionario público, fraude y falsificación de documento. Algunos altos funcionarios, inclusive ex ministros, venían siendo arrestados en una campaña de combate a la corrupción impulsada por el presidente Mutharika.
En febrero de 2006 la oposición acusó a Mutharika de utilizar el Consejo Anticorrupción (ACB) para perseguir a sus opositores. Mutharika negó estas acusaciones, alegando que su administración no perseguía a la oposición y que todos los culpables de corrupción serían juzgados, incluyendo a los miembros de su propio gobierno.
Tras cinco años de sequías y crisis alimentarias, en abril el ministerio de Agricultura señaló que el país tendría una buena cosecha de maíz, lo que le permitiría paliar un poco la situación y dar un respiro a la diezmada población.
El gobierno lanzó una campaña, en julio de 2007, para combatir el tráfico de armas de fuego de bajo calibre que, según declaraciones oficiales, eran causa de la violencia generalizada y cercenaban las posibilidades de desarrollo social. De acuerdo a las autoridades, los exilados de países vecinos en conflicto y los inmigrantes ilegales eran los principales responsables de la introducción de armas al país.