Los primeros en poblar el territorio del actual Sudán (30 mil a.C.-7 mil a.C.) fueron africanos negros, quienes se iniciaron en la domesticación de animales entre el 10 mil y 3 mil a.C. Había comercio de oro, esclavos, marfil y granito desde esta región a lo largo del Nilo hasta el Mediterráneo.
A fines del IV milenio a.C., la Primera dinastía del Antiguo Imperio egipcio conquistó el norte del territorio sudanés, por lo que las tribus negras del Nilo asimilaron elementos de esa cultura imperial.
Entre 2181 a.C. y 1938 a.C., una ola de inmigrantes de Libia estableció granjas en el territorio.
Producto de la amalgama de estos tres pueblos, tanto como de un decaimiento del Imperio Egipcio, fue el desarrollo de una nueva cultura nubia (kushita), a partir de 2150 a.C.
En el 1580 a.C. los egipcios retomaron control de la región, en la que permanecieron durante 500 años. A pesar de la presencia imperial egipcia, que alcanzó su máxima expansión en el siglo XIV a. C., las tradiciones nubias se mantuvieron; su arte, en cuya estética predominaba la vertiente negra, floreció.
Los nubios ocuparon cargos relevantes en la burocracia faraónica que dividió Nubia/Kush en dos distritos: Wawat, al norte y Kush, al sur, donde había oro y esmeraldas y donde una nueva cultura sincrética nubio-egipcia forjó una escritura (cursiva) propia.
En el siglo XI a.C., los virreyes de Kush aprovecharon el declive del Nuevo Reino egipcio para obtener una virtual independencia. En el 748 a.C. sus descendientes conquistaron Egipto, donde permanecieron hasta que fueron expulsados en el 591 a.C.
Los persas controlaron Egipto y la región de Kush a partir del 500 a.C.
A partir del 300 d.C, los pobladores comenzaron a convertirse al cristianismo. Los misioneros Nobatia, Dongola y Alodia llevaron la religión a la región del Nilo Medio, antes de retirarse en el año 675, en vísperas de la invasión islámica que estableció a la Dinastía Fatimida en el siglo VII. A pesar de la influencia musulmana, los nubios siguieron siendo mayoritariamente cristianos. Los fatimidas fueron conquistados por los turcos otomanos alrededor del 1300.
Hacia el siglo XV, saqueos recurrentes de tribus árabes nómades (beduinos), así como enfrentamientos entre estas últimas y el Imperio Otomano y los mamelucos (oligarquía egipcia,1250-1517) condujeron a la devastación de Nubia.
Entre los siglos XIII y XV, cuando los reinos cristianos colapsaron, se produjo una inmigración masiva de tribus árabes musulmanas (las que pasaron a constituir la mayoría de la población en la mitad norte del territorio sudanés).
Desde ese período, hasta 1820, el territorio de Sudán contó con dos zonas hegemónicas: la de los musulmanes, donde la islamización estuvo a cargo de misioneros de la hermandad sufi, y la del pueblo fuji (de Etiopía, no musulmán), cuya aristocracia islamizada gobernó la zona central desde principios del siglo XVII.
En 1820, el virrey de Egipto bajo el Imperio otomano, Mohamed Alí, envió tropas en busca de oro y esclavos. Sus sucesores controlaron la totalidad del territorio sudanés, en 1876, e instauraron una burocracia centralizada en la ciudad de Jartum. Asimismo, implementaron un sistema impositivo que constituía la virtual confiscación del oro y de la producción agrícola, al tiempo que establecieron rutas comerciales.
El nombramiento, en 1877, del general británico Charles Gordon como gobernador de Sudán por parte del virrey de Egipto respondió tanto a compromisos financieros de este último con Inglaterra como a la corrupción de los jerarcas egipcios ocupantes.
A fin de implantar una economía capitalista en Sudán, Gordon se abocó a garantizar el cumplimiento de una Convención (de 1877) para poner fin al lucrativo comercio de esclavos.
La pérdida de esa fuente de ingresos, la represión arbitraria por parte de las tropas inglesas y el descontento general de los sudaneses frente a los impuestos y a las imposiciones de prácticas religiosas ajenas (el islamismo ortodoxo egipcio y el cristianismo a la británica) propiciaron la emergencia del líder espiritual sufi Mohamed Ahmad, quien se proclamó mahi (salvador) de su pueblo, en 1881.
Pese a la precariedad de su armamento, las fuerzas populares de Ahmad consiguieron tomar la ciudad de Jartum en 1885, expulsar a Gordon del territorio sudanés e implantar una teocracia nacionalista.
En 1898, las autoridades egipcias bajo intervención militar británica y la Corona inglesa adjudicaron al territorio del actual Sudán el estatuto de condominio anglo-egipcio, por el que sus tropas volvieron a ocuparlo con un régimen de closed districts (distritos cerrados), entre el norte y el sur, que impedía todo contacto entre ambas regiones.
En los primeros años de esta ocupación, los británicos introdujeron el cultivo extensivo de algodón (principal producción de Sudán hasta la actualidad) y expandieron las comunicaciones, al tiempo que otorgaron libertad de culto, a fin de eliminar la religión como fuente de disturbios. Asimismo, abrieron escuelas primarias y técnicas y, en 1902, inauguraron el Gordon Memorial College, donde una élite comenzó a adquirir educación curricular británica. Muchos fueron designados para puestos clave y pertenecían al Congreso General de Graduados, entidad que evolucionó hasta convertirse en organización política.
En 1936, Inglaterra exigió a Egipto la firma de un acuerdo para prohibir la entrada a Sudán de militares egipcios, quienes, en 1924, habían encabezado un levantamiento en unión con nacionalistas compatriotas y tribus sudanesas. A diferencia de los jefes tribales locales, el Congreso General de Graduados del Gordon Memorial College pretendió participar en esas conversaciones.
Al no ser reconocido por los ingleses, el Congreso se dividió en dos grupos: uno moderado y proclive a Gran Bretaña, que contó con la mayoría, y otro radical, que se volcó hacia Egipto, cuyo líder fue Ismael al-Azhari.
Hacia 1943, Azhari y sus seguidores obtuvieron la mayoría en el Congreso y conformaron el primer partido político sudanés, Ashiqa (Hermanos-Partido Nacional Unionista- PNU) a partir de 1951. Poco después, los moderados se organizaron en el partido Ummah (Nación) liderado por Arman al-Mahdi, el hijo póstumo del mahdi desplazado por los ingleses en 1898.
En 1951, hostil a la posible incorporación de representantes de la región cristiana y animista del sur en el Congreso, Egipto derogó el Tratado de condominio anglo-egipcio y se proclamó soberano absoluto del territorio de Sudán. Sin embargo, en 1953, El Cairo debió acordar con Inglaterra el autogobierno de Sudán.
En 1955, los sudaneses realizaron elecciones parlamentarias y el PNU, respaldado por el presidente nacionalista egipcio Nasser, obtuvo una amplia victoria sobre el Ummah. A esto siguió, en 1956, una declaración de independencia de Azhari y su mayoría parlamentaria. La Constitución provisoria consolidó la posición de los norteños y renegó de las promesas de una federación.
Los cristianos y animistas del sur, cuyas expectativas de representación en la Asamblea fueron eliminadas por la Constitución, iniciaron una guerra civil que continuó hasta 1972.
En 1958, el general Ibrahim Abbud tomó el poder a través de un golpe de Estado. Tras liberar el precio del algodón y disolver los partidos políticos, instaló un Consejo Supremo que aseguró el cumplimiento de leyes islámicas ortodoxas en todo el territorio sudanés, donde impuso la lengua árabe y, en 1962, desalojó a los misioneros cristianos de las escuelas del sur de Sudán.
En octubre de 1964, Abbud debió renunciar y se formó un gobierno de transición.
Las elecciones de 1965 llevaron a la presidencia a Mohamed Mahjud, dirigente del Partido Ummah. En sus cuatro años de gobierno, Majud no mejoró la situación económica de Sudán, al tiempo que las distintas facciones del Parlamento se mostraron inconciliables y los sureños lanzaron nuevas ofensivas, tras el incumplimiento de promesas de participación política.
En 1969, el general Gaafar al-Nimeiry llevó a cabo un golpe de Estado.
La escalada de la guerra en el sur restó recursos. Esto llevó a Nimeiry a negociar la adhesión de los grupos sureños insurgentes, lo que llevó a las conversaciones de paz de Addis Abeba (Etiopía) de 1972 y al fin a 17 años de guerra civil, consagrando la autonomía administrativa de los pueblos cristianos y animistas del sur.
Tras la paz, y la disparada del precio del petróleo que le siguió, inversiones de varios países árabes desérticos llegaron al país para realizar cultivos y obras de infraestructura. En 1977, Nimeiry fue reelecto, pero la incompetencia y la corrupción de su gobierno habían sumido a Sudán en el endeudamiento (que alcanzó 8 mil millones de dólares ese año, determinó la quiebra de la economía al año siguiente y la suspensión de créditos del FMI).
En 1983, cuando expertos de la compañía estadounidense Chevron descubrieron yacimientos de petróleo en el sur del país, Nimeiry derogó el Acuerdo de Addis Abeba y, bajo la influencia de los Hermanos Musulmanes del Frente Islámico Nacional (FIN - sunnita), modificó el código legal para imponer la shariah (sistema regulatorio islámico que prevé, entre otras violaciones a los derechos de la persona, la pena de muerte para los homosexuales).
Estas medidas provocaron una rebelión en el sur y una ofensiva por parte del Ejército Popular de Liberación del Sudán (SPLA), la más poderosa de las 12 organizaciones de esa zona, liderada por John Garang, que determinaron el retiro de la región de las compañías extranjeras que buscaban petróleo.
Al mismo tiempo, tanto el FIN y los partidos norteños de oposición, como los organismos financieros internacionales aumentaron sus críticas a la aplicación de la shariah por parte de Nimeiry; los primeros por la falta de libertades políticas y los segundos por las normas del sistema bancario sudanés.
En abril de 1985, mientras Nimeriy se encontraba en EE.UU., su ministro de Defensa y comandante general del Ejército, Abdul al Dahab, tomó el poder y convocó elecciones para el año siguiente.
En las elecciones de abril de 1986 la victoria fue para el Ummah, cuyo líder, Sadiq al-Mahdi, fue electo premier.
El SPLA pidió entonces la renuncia de Mahdi y la formación de un gobierno provisional, en tanto sus 12 mil guerrilleros rodearon las guarniciones del sur leales al gobierno y tomaron el control de esta región, impidiendo varias veces el acceso de ayuda humanitaria a la población víctima de hambre, violencia y falta de atención médica.
En junio de 1989, en plena guerra entre el SPLM (el brazo armado del SPLA) y el ejército, el general Omar al-Bashir derrocó al gobierno, disolvió los partidos políticos y creó una junta cívico militar con la participación del FIN, rebautizado Partido del Congreso Nacional (PCN).
En 1995, cuando la guerra civil había cobrado un millón de vidas y obligado a tres millones de personas a refugiarse en países vecinos, la organización humanitaria African Rights acusó a Jartum del genocidio de los nubios.
En enero de 1998, tras comprobar que Sudán había albergado al líder de la red terrorista Al-Qaeda, Osama Bin Laden, a principios de la década de 1990, EE.UU. acusó a Jartum de respaldar el terrorismo internacional y anunció un embargo económico; unos meses más tarde, bombardeó una planta química cercana a la capital.
En 1999, al-Bashir declaró el Estado de sitio y renovó su gabinete.
Ese mismo año, China (importador del 55% de las exportaciones sudanesas en 2004), una compañía malaya y otra canadiense acordaron financiar un oleoducto hacia el mar Rojo. Esto daría una ganancia neta de 500 millones de dólares anuales (en un principio, para el consorcio Greater Nile Petroleum Corporation) para Sudán a partir de 2003.
Al-Bashir asumió una vez más la presidencia en febrero de 2001, tras obtener el 86,5% de los votos en las elecciones de diciembre del año anterior, que fueron boicoteadas por la mayoría de los partidos de oposición.
En diciembre de 2001, las autoridades en Jartum afirmaron haber liberado más de 14.500 esclavos –negros, en su mayoría– luego de seis meses de campaña por parte de organizaciones defensoras de los DD.HH.
Un mes más tarde, el SPLA firmó una alianza con su rival sureña, la Fuerza Sudanesa de Defensa Popular, para hacer frente común contra el gobierno.
En octubre, con la apertura en Kenia de negociaciones de paz entre el gobierno sudanés y el SPLA, se puso fin a 19 años de una guerra civil que había cobrado la vida de dos millones de personas. En esa oportunidad, el secretario de Estado de EE.UU. Colin Powell, cuyo equipo de gobierno había declarado el acceso al petróleo africano como un «asunto de interés nacional», presentó un acta donde amenazó con triplicar su contribución al SPLA a 300 millones de dólares y con mantener el embargo a Sudán, en caso de no alcanzar la paz para marzo de 2003. En gran medida debido a la guerra, el 92% de los sudaneses vivía debajo de la línea de pobreza.
Asimismo, el jefe del SPLA, el coronel John Garang, solicitó ejercer la vicepresidencia de Sudán, en lugar de Alí Osaman Taha, al tiempo que reclamó las provincias sureñas de Nuba, Abyei y Nilo Azul, caídas bajo jurisdicción del norte en 1972, aunque no hubo una solución a este diferendo durante los años inmediatos.
Entre abril y diciembre de 2003, el gobierno sudanés y el SPLA pactaron integrar sus tropas en un ejército de 39 mil soldados, compartir las ganancias del petróleo a partir de enero de 2004, redactar una nueva Constitución en el curso de 2004, otorgar al sur la autonomía administrativa a partir de ese mismo año y convocar a un referéndum para 2010, con vistas a la independencia de esa región. Asimismo, Hassan al-Turabi, líder islamista encarcelado años atrás, fue liberado en octubre de 2003, al tiempo que se levantó la proscripción de su partido, Frente Islámico Nacional (NIF).
Mientras se alcanzaba la pacificación entre las zonas norte y sur, en enero de 2004 las tropas gubernamentales lanzaron una ofensiva en la zona de Darfur, en el extremo oeste de Sudán, comprendida dentro de las jurisdicciones norte y sur, contra el Ejército del Movimiento de Liberación de Sudán (EMLS, ex Movimiento de Liberación de Darfur).
El EMLS se había fundado el año anterior, en respuesta a ataques sistemáticos a la región de Darfur por parte de grupos de pastores árabes de la tribu janjawid, expulsados por la desertificación de Sahel (su región de origen), que pretendían desalojar a las tribus negras islamizadas (masali, fur y zagawa) de sus tierras bien irrigadas.
En marzo de 2004 al-Bashir ordenó nuevamente el arresto de Turabi y de sus partidarios políticos y militares. En abril, la Comisión de Derechos Humanos de ONU se abstuvo de aplicar sanciones al gobierno sudanés. Por su parte, organizaciones humanitarias denunciaron que Jartum había puesto trabas a la distribución de alimentos y medicinas.
Para marzo de 2005 se estimaba que 180 mil personas habían muerto en el conflicto de Darfur en los 18 meses anteriores y que dos millones habían abandonado sus aldeas, buscando refugio en las ciudades principales, en tanto 200 mil habían huido a Chad. La comisión especial para Darfur de la ONU concluyó que el gobierno de Jartum no era culpable de genocidio –figura que obligaba a intervenir a la comunidad internacional– aunque sí de «serias violaciones a los derechos humanos y a la ley humanitaria internacional», que podrían ser perseguidas como crímenes contra la humanidad.
El 5 de mayo de 2006 en Abuja, Nigeria, el EMLS y el gobierno de Jartum aprobaron el plan de paz de la Unión Africana (UA). Sin embargo, un grupo escindido del EMLS y el Movimiento para la Justicia e Igualdad, no firmaron el acuerdo, alegando que deseaban más influencia en el Darfur de posguerra. Por este motivo, se les dio un plazo hasta el 31 de mayo de ese año para firmar el tratado y comenzar con el desarme.
El Programa Mundial de Alimentos advirtió que la escasez de recursos continuaba aumentando la desnutrición y deteriorando la situación de millones de personas. La situación en Sudán fue catalogada, a mediados de ese año, como la «peor crisis humanitaria del mundo».
En Julio de 2007, el Consejo de Seguridad de Naciones Unidas aprobó una resolución para autorizar el ingreso de 26.000 soldados como parte de una misión de paz conjunta entre ONU y la UA. El gobierno señaló que cooperaría con dicha misión y entablaría negociaciones para alcanzar un acuerdo político al conflicto.