Egipto comerciaba activamente con el territorio somalí, llamado «país de Punt», ya desde el 2000 a.C. Siglos después, los romanos lo llamaron «país de los aromas», por los inciensos traídos de allí.
Su tradición comercial se reforzó en el siglo VIII, con el establecimiento de refugiados árabes en la costa.
Islamizados y dirigidos por inmigrantes yemenitas, en el siglo XIII los somalíes crearon el reino de Ifat, tributario de Etiopía, con Zeila como capital. Ifat pronto se independizó y amplió su territorio como sultanato de Adal.
Mientras comerciaban con los mercados árabes y del sur de la costa Zandj, los sultanes trataban de extender su estado a expensas del Imperio Etíope. La connotación religiosa del conflicto hizo que los abisinios pidieran ayuda a los cristianos europeos, desde 1439.
Recién en 1541, intentando monopolizar el comercio del Océano Índico, Portugal envió una flota que, con el apoyo de un ejército etíope, arrasó Zeila, Mogadiscio (Muqdisho), Berbera y Brava.
Aunque no hubo ocupación efectiva, la presencia naval portuguesa impidió la reestructuración económica de la región. Adal se dividió en sultanatos menores, los del norte controlados por el Egipto otomano y los del sur reconociendo la soberanía del sultán de Zanzíbar, después de la expulsión de los lusitanos en 1698.
El canal de Suez dio nuevo valor estratégico al «cuerno de África» (el territorio compuesto por los actuales Somalia, Djibouti, Eritrea, y Etiopía). En 1862 Francia compró el puerto de Obock, origen del actual Djibouti; Italia se instaló en Aseb (Etiopía) en 1869 y se extendió luego a Eritrea, e Inglaterra se encargó de Zeila y Berbera, en 1885. En 1906, en compensación por su derrota frente a Etiopía, Italia obtuvo el litoral sur de Somalia.
En 1889, Italia creó un protectorado con Somalia central y territorios del sur, cedidos por el sultán de Zanzíbar.
La mayor resistencia a la ocupación se manifestó en la colonia inglesa, donde el jeque Mohamed bin Abdullah Hassan organizó un movimiento revolucionario islámico que obtuvo cuatro victorias, entre 1900 y 1904. Sólo en 1920 los ingleses recuperaron el control del territorio, usando la aviación militar por primera vez en África.
En 1925 las tierras del este del río Jubba pasaron, de Kenia, al protectorado italiano.
Con la unión de una parte de Etiopía de lengua somalí, se creó África Italiana del Este, en 1936.
En 1940, los italianos ocuparon la parte inglesa del país y, en 1941, los ingleses conquistaron la parte italiana.
En 1950, Somalia italiana se transformó en territorio de ONU bajo control de Italia. En 1956, obtuvo la autonomía interna, con el nombre de Somalia.
Con el nombre de República Unida de Somalia, los territorios británicos e italianos obtuvieron la independencia. Aden Abdullah Osman Daar, fue el primer presidente.
Entre 1963 y 1964, el país rompió relaciones con Inglaterra y disputó sus fronteras con Kenia y Etiopía.
Abdi Rashid Ali Shermarke fue electo presidente en 1967. Dos años después, fue asesinado y Muhammad Siad Barre asumió el poder. En 1970, adoptó el socialismo, nacionalizando parte de la economía. En 1974, el país ingresó a la Liga Árabe.
En 1977, Somalia invadió el Ogadén etíope, por un supuesto apoyo al Frente de Liberación de Somalia Occidental. El ejército etíope, con el respaldo de fuerzas cubanas, rechazó la invasión. Somalia rompió relaciones con Cuba.
La guerra y la sequía de 1978/79, llevaron al país al borde del caos.
En octubre de 1980, Barre decretó el estado de emergencia y reinstauró el Consejo Revolucionario Supremo, eliminado desde 1976.
En 1985, se incrementaron las disputas con Etiopía por la meseta de Ogadén y el flujo de refugiados hacia campos somalíes.
Barre fue reelegido en diciembre de 1986 con el 99% de los votos. En 1988 se firmó la paz con Etiopía.
En enero de 1991 la oposición formó el Congreso Somalí Unido (CSU) y derrocó al presidente, sustituyéndolo por el empresario Ali Mahdi Mohammed, del Clan hawiye, quien huyó de la capital en noviembre, luego de enfrentamientos entre facciones del CSU. La capital quedó en manos del general Mohamed Farah Aidid, líder del ala militar del CSU y de otra subdivisión del mismo clan. Fue el comienzo de la guerra de facciones que determinó cientos de miles de muertes y exilios.
En marzo de 1992, nueve ugas (autoridades tribales) de la región de Hiraan se reunieron, por primera vez en más de un siglo, para discutir la paz. El territorio ex-colonia británica se declaró independiente en mayo como República de Somalilandia. Sin reconocimiento internacional, sufría la misma violencia entre clanes.
Ese año, la ONU, envió un contingente armado de 28 mil efectivos con el pretexto de restablecer el flujo del suministro de alimentos e intentar el desarme de las facciones en lucha. En 1993, cascos azules de ONU, de Pakistán, India y otros países tomaron el control. Las tropas estadounidenses se retiraron en 1994; las de ONU en 1995. La intervención fue percibida por muchos como desastrosa, especialmente en los EE.UU. y continúa afectando su política exterior.
En 1995, Somalilandia continuaba funcionando y en el resto del país las facciones se agruparon en torno a la Alianza por la Salvación Somalí (ASS), de Ali Mahdi Mohamed, y la ASN, dirigida por Farah Aidid, ambas autoproclamadas gobierno. Farah Aidid murió en agosto de 1996 y fue sucedido por su hijo, Hussein. La antigua mano derecha de Farah, Osman Hassan Ali («Ato»), emergió como una nueva fuerza, pero asociada a Ali Mahdi.
En enero de 1997, en Etiopía, líderes de la ASS, con el apoyo de la Organización de la Unidad Africana (OUA), establecieron un Consejo de Salvación Nacional. Tanto Hussein Aidid como Mohamed Ibrahim Egal, reelecto presidente de Somalilandia en marzo, lo desconocieron.
Una conferencia de 300 líderes del nordeste realizada en junio de 1998 en el distrito de Garowe eligió como presidente al coronel Abdullah Yussuf Ahmed, y a Mohamed Abdi Hashi como su vice. La llamada administración Puntlandia abarcaría las áreas de Garowe, Bari y Galkayo, la capital sería Garowe.
En agosto de 2000, una conferencia de paz en Djibouti, integrada por las distintas facciones, eligió a los 245 miembros del Parlamento, que designó a Abdulkasim Salat Hassan presidente. En octubre, ya instalado en Mogadiscio, el nuevo primer ministro, Ali Khalif Galaydh, anunció su gabinete de 25 ministros, todos ellos varones y extraídos de los distintos clanes somalíes, al que calificó como «gobierno de reconciliación».
En mayo de 2001, un referéndum decidió por enorme mayoría la separación de Somalilandia que, igualmente, siguió sin reconocimiento internacional.
Mohamed Egal murió en Sudáfrica en mayo de 2002, lo que hizo temer el resurgimiento de antiguas rivalidades. Dahir Riyale Kahin fue nombrado presidente de Somalilandia.
En octubre de 2002, las 21 facciones en guerra y el gobierno acordaron un cese al fuego mientras se desarrollaran nuevas conversaciones.
Dahir Riyale fue electo, por escaso margen, presidente de Somalilandia en abril de 2003. El gobierno de Somalia continuó las conversaciones de paz en Kenia en julio.
En enero de 2004, las negociaciones en Kenia lograron que los jefes militares y los políticos acordaran la formación de un nuevo Parlamento en lo que se consideró uno de los mayores avances hacia la paz definitiva.
Dos facciones del Frente Nacional Somalí se enfrentaron por el control de Bula Hawo, en junio de 2004. La localidad posee una importancia clave para las rutas comerciales que unen Mogadiscio con Kenia y Etiopía. El gobierno keniata reaccionó deteniendo sospechosos en la zona y desplegó en la frontera fuerzas policiales evitando la entrada de milicias.
Los delegados de las conversaciones de paz con Kenia continuarían sus esfuerzos para lograr la creación de un nuevo gobierno antes de finalizado el mes de julio de 2004. Durante todo el 2004, estas conversaciones siguieron en Nairobi, Kenia. En octubre, el señor de la guerra, Abdullahi Yusuf –respaldado por Etiopía–, fue electo presidente. Yusuf, inmediatamente, pidió a la comunidad internacional ayuda para lograr desarmar a las milicias.
El nuevo presidente confirmó al primer ministro, Ali Mohammed Ghedi, en diciembre. Ese mes, el tsunami que azotó el sudeste asiático llegó a las costas de Somalia y causó cientos de muertos –en la isla de Hafn– y miles de desplazados.
Al menos 10 muertos y otros tantos heridos fueron el resultado de la explosión de una bomba en Mogadiscio, mientras Ghedi ofrecía una conferencia en mayo de 2005. Un mes después, el gobierno comenzó a retornar de su exilio en Kenia, si bien no estaba decidido en qué lugar de Somalia se instalaría definitivamente.
Un nuevo atentado contra la vida de Ghedi tuvo lugar en noviembre, cuando la caravana oficial fue atacada a tiros mientras se desplazaba por Mogadiscio. El primer ministro resultó ileso pero murieron seis personas.
Más de un año después de formado en Kenia, el parlamento se reunió finalmente en territorio somalí, en la ciudad central de Baidoa, en febrero de 2006. Aunque concurrieron 205 de los 275 miembros del parlamento, muchos de los señores de la guerra –aliados del jefe del cuerpo, Sharif Hassan Sheikh Adan, descontentos con el presidente Yusuf– no asistieron. Esta reunión fue posible gracias a las conversaciones que ambos líderes habían mantenido, un mes atrás, en Yemen.
Una milicia, las Cortes Islámicas, tomó el control de Mogadiscio en junio de 2006. Este movimiento –el más popular y fuerte del país– reunía a 11 cortes de justicia autónomas de la capital, que luchaban a sangre y fuego por el establecimiento de la ley islámica como forma de erradicar la pornografía, las drogas y varias otras formas de delitos comunes de las calles de la ciudad.
En abril de 2007, los enfrentamientos entre las Cortes Islámicas y las tropas del gobierno habían desplazado a más de 300 mil civiles de Mogadiscio.