A mediados del primer milenio a.C., en el territorio actual de Tayikistán, se desarrollaron los primeros focos sedentarios de civilización del Asia Central y de la Siberia meridional. En el curso superior del río Amudarja se encontraba el estado bactriano. A su vez, la cuenca del río Zeravsan y el valle del río Kashkadaria fueron el núcleo de otra formación estatal: Sogdiana. Sus habitantes construyeron aldeas, con casas de adobe y piedra, a lo largo de los ríos, que utilizaban para regar sus cultivos de trigo, cebada y mijo, además de variados frutos. La navegación estaba muy desarrollada y las ciudades en la ruta de las caravanas que unían Persia, China y la India eran importantes centros comerciales.
En el siglo VI a.C. estos territorios fueron anexados por el Imperio Persa de los Aheménidas. En el siglo IV a.C., Alejandro Magno conquistó Bactria y Sogdiana. Disuelto su imperio en el siglo III a.C., surgieron el estado greco-bactriano y el reino de Kushán, caídos luego bajo el empuje de las tribus esteparias de yuechzhí y tojares. En los siglos IV y V d.C., Sogdiana fue invadida por los eftalitas, y en los siglos VI y VII, por los pueblos turcos del Asia Central. En el siglo VII, Tayikistán quedó bajo la dominación del Califato Árabe. Después del desmoronamiento de éste, fue integrado al reino de los Tahiridas y Samánidas. Entre los siglos IX y X el pueblo tayiko adquirió su identidad étnica.
Del siglo X al XIII d.C. el territorio de Tayikistán formaba parte de los imperios de los Gaznévidas, Karahánidas y Shas de Coresma. A comienzos del siglo XIII, Tayikistán quedó bajo la dominación tártaro-mongola de Gengis Khan. En 1238, el artesano tayiko Tarabí encabezó una insurrección popular. Entre los siglos XIV y XVII los tayikos estuvieron bajo el poder de los Timúridas y la dinastía uzbeka de los Sheibánidas. Del siglo XVII al XIX, el territorio se hallaba dividido en pequeños feudos cuyos jefes periódicamente se rebelaban contra los khanes del reino de Bujará.
En las décadas de 1860 y 1870, el Imperio Ruso conquistó el Asia Central y se anexó la parte norte de Tayikistán. La población tayika de Kuliab, Guissar, Karateguín y Darvaz se convirtió en provincia del khanato de Bujará (Bujará Oriental), avasallado por Rusia. La opresión de la burocracia rusa y los señores feudales locales provocó entre fines del siglo XIX y comienzos del XX una sucesión de rebeliones campesinas, la más importante dirigida por Vosé, en 1885.
En 1916, durante la Primera Guerra Mundial, la población del Asia Central y Kazajstán se amotinó contra la movilización para los trabajos de retaguardia en el Ejército Ruso. Tras el triunfo de la revolución bolchevique, en octubre de 1917, se instauró el poder soviético en Tayikistán del Norte. En abril de 1918 fue integrado a la República Soviética de Turquestán. No obstante, una parte considerable de los tayikos quedó bajo el poder del emirato de Bujará, que existió hasta 1921. A comienzos de 1921 el Ejército Rojo tomó Dusanbe, pero en febrero tuvo que retirarse de Bujará Oriental.
Quebrantada la resistencia de Alim Khan en 1922, el poder soviético fue proclamado en todo Tayikistán. El 16 de noviembre de 1929, Tayikistán se constituyó en república federada de la Unión Soviética (URSS).
Después de la Segunda Guerra Mundial, el régimen soviético desarrolló en Tayikistán un plan de grandes obras, particularmente un sistema acuífero, integrado con el vecino Uzbekistán, dirigido principalmente al desarrollo de la monocultura del algodón. En la década de 1970 y 1980, las fallas de la administración y el estancamiento económico se hicieron sentir en Tayikistán, una de las repúblicas más pobres de la URSS, con un elevado índice de desempleo entre los jóvenes, la mayoría de la población.
Desde 1985, los cambios promovidos por el presidente Mijaíl Gorbachov hicieron explotar tensiones étnicas y religiosas contenidas por largo tiempo en Tayikistán. En febrero de 1990 se produjeron en la capital violentos incidentes, que dejaron un saldo de más de 30 muertos. El gobierno decretó el estado de emergencia y lo mantuvo durante las elecciones de ese año para integrar el nuevo Soviet Supremo (parlamento), en las cuales el Partido Comunista conquistó el 90% de los escaños disponibles.
En agosto de 1990 el Parlamento quitó su confianza al presidente Majkamov, acusándolo de apoyar a los golpistas de Moscú, y lo obligó a dimitir. Lo sucedió, como presidente interino de la república, Kadridin Aslonov.
En setiembre de 1991 el Parlamento aprobó la declaración de Independencia y la nueva Constitución decretó el estado de emergencia y prohibió el Partido del Renacimiento Islámico (PRI), que prometía un Estado respetuoso de la libertad política y religiosa, pero fundado en el Islam, y reivindicaba la aplicación de la sharia, código religioso, moral y legal islámico
El resurgimiento religioso en Tayikistán fue más fuerte que en el resto de los estados de la ex URSS. A comienzos de la década de 1980, había 12 mezquitas; diez años después, se contaban 128, además de 2.800 lugares de oración, un instituto islámico y cinco centros de enseñanza religiosa. Desde 1991, el gobierno local instituyó la celebración oficial de varias fiestas musulmanas.
En las primeras elecciones presidenciales, celebradas dos meses después de la declaración de la Independencia, en noviembre de 1991, Rajmón Nabíev resultó confirmado en el cargo por 58% de los votos.
El 21 de diciembre, Tayikistán entró en la Comunidad de Estados Independientes (CEI). Paralelamente, la región Autónoma de Gorno-Badajshán, en el alto Pamir, reclamó el régimen de Provincia Autónoma. En esta región la mayoría practica el culto musulmán chiíta, al igual que en el país vecino, Afganistán.
En marzo de 1992 comenzaron en Dusanbe masivas protestas contra el gobierno, que se extendieron en abril más allá de la capital y desembocaron en una guerra civil de proporciones. En este contexto, un mitin contra Nabíev provocó su dimisión el 8 de setiembre. Pero fuerzas pro comunistas del norte libraron una amplia ofensiva que terminó con la toma de la capital y la nominación, en diciembre, de un nuevo gobierno del Frente Popular (grupo paramilitar), que provocó la fuga de alrededor de 300 mil personas a Afganistán y a otras repúblicas de la CEI. Las persecuciones y masacres contra la oposición no disminuyeron hasta febrero de 1993.
Moscú reconoció al nuevo régimen, encabezado por Imomali Rakhmonov. En marzo se iniciaron bombardeos desde Afganistán e incursiones de destacamentos opositores a través de la frontera, controlada por tropas rusas. Rakhmonov propuso un proyecto de nueva Constitución, aprobada en noviembre por referéndum. El presidente resultó reelecto en los comicios realizados junto con el referéndum, pero la oposición islamista acusó al gobierno de fraude.
La guerra civil finalizó oficialmente el 27 de junio de 1997, con la firma en Moscú de un acuerdo de paz entre el Gobierno y la oposición, agrupada en la denominada Unión Tayika de Oposición (UTO). El acuerdo garantizó a la oposición el 30% de los cargos en el gabinete, presencia en la justicia y una amnistía para todos los acusados de crímenes de guerra. El conflicto provocó 20 mil muertes, desplazó a 600 mil personas dentro del país y 300 mil hacia Afganistán, Rusia y otros estados de la CEI.
En febrero de 1998, el gobierno anunció la aceleración del programa de privatizaciones.
Akbar Turajonzoda, segundo en la jerarquía de la UTO, retornó desde su exilio en Irán para convertirse en el primer vice-primer ministro. Propuso admitir al PRI con todos los derechos en la vida política del país, permitiéndole participar en las elecciones. El parlamento votó una ley prohibiendo la creación de partidos basados en corrientes religiosas y el presidente, si bien vetó la ley, aseguró que no permitiría un gobierno islámico en el país.
Los comicios de noviembre de 1999 se realizaron bajo fuertes protestas por parte de Usmon, único candidato opositor. Otros candidatos no pudieron llegar a la cantidad de firmas requeridas para presentarse debido a presiones gubernamentales, según la oposición. Rakhmonov obtuvo el 96% de los votos.
En setiembre de 2001, el ministro de cultura de Tayikistán, Abdurakhim Rakhimov, fue asesinado en Dushanbe. Habib Sanginov, vice ministro del interior, había sido ultimado en abril.
Ese mismo mes, luego de los ataques terroristas en Nueva York y Washington, Tayikistán ofreció apoyo a la coalición anti-terrorismo liderada por EE.UU. Además, Rakhmonov prohibió la entrada de refugiados afganos por el riesgo de que se infiltraran terroristas. En febrero de 2002, Tayikistán se convirtió en la última república ex soviética en unirse a la OTAN.
Un referéndum aprobó en junio, con el 90% de los votos a favor, un paquete de 50 reformas a la Constitución –la más controvertida de las cuales posibilitaba la reelección de Rahmonov–.
Shamsiddin Shamsiddinov, vicepresidente del PRI, fue condenado en julio de 2003 a 16 años de prisión por organización de grupos delictivos y otros crímenes «de gravedad». Su partido denunció que era un arresto más político que religioso. Preocupado por el avance del fundamentalismo, Rahmonov apresó durante 2003 a más de 200 miembros del extremista Hizb ut-Tahrir, y le confiscó «toneladas de literatura» que propugnaba la creación de un califato islámico en Asia Central.
En octubre de 2004, Rusia abrió formalmente una base militar en las montañas de Tayik, que reemplazó a la que existía en la era soviética, y retomó el control del centro de monitoreo aéreo. El presidente ruso, Vladimir Putin, visitó personalmente Tayikistán para encontrarse con Rakhmonov, lo que marcó el relanzamiento de la presencia del poder militar ruso en el país. Dos meses más tarde, el líder del opositor Partido Democrático, Mahmadruzi Iskandarov, fue arrestado en Moscú a pedido de la fiscalía tayika, que lo acusaba de estar involucrado en terrorismo, en delitos relacionados con armas y de haber cometido actos de corrupción. Los partidarios de Iskandrov, sin embargo, sostenían que se trataba de una jugada política.
En las elecciones parlamentarias de febrero de 2005 –en las que, según los observadores, no se logró un nivel aceptable de transparencia–, el partido de gobierno ganó en forma aplastante. En abril, Iskandarov fue liberado en Moscú pero más tarde fue arrestado nuevamente en Tayikistán.
Rusia retiró, en junio, todas sus tropas fronterizas y dejó el control de la frontera a cargo exclusivo de las fuerzas tayikas. Acusado de liderar una organización terrorista, Iskandarov fue sentenciado, en octubre, a 23 años años de cárcel mientras la oposición seguía denunciando motivaciones políticas tras la decisión del tribunal.
Un grupo fuertemente armado –que atacó y mató al menos a tres guardias fronterizos– cruzó desde Tayikistán hacia Kirguizstán, en mayo de 2006. La región de Batken –en la triple frontera de estos dos países con Uzbekistán– ha sido muy inestable desde la caída de la Unión Soviética y ha alojado a varios grupos fundamentalistas islamistas.
El gobierno anunció, en abril de 2007, la firma de un acuerdo con una empresa rusa para la explotación de su fuerza hidroeléctrica. Según los estudios realizados, los ríos de montaña del país podrían generar más de 500.000 millones de kilowats. El proyecto conjunto tendría un costo de mil millones de dólares.