En la antigüedad, el territorio que conforma la actual Ciudad del Vaticano, al oeste del río Tíber, era conocido como el Ager Vaticanus (campos del vaticano). Algunos historiadores afirman que sus primeros habitantes fueron integrantes de un antiguo pueblo etrusco llamado Vaticum y de allí su nombre, otros que la palabra proviene del latín vates (adivino), y que antiguamente existía una colina denominada Vaticano en la que pululaban adivinadores y magos que presagiaban el porvenir de transeúntes ocasionales.
Debido a la persecución de cristianos y la destrucción en Roma de todos los escritos de la Iglesia llevadas a cabo por el emperador Dioclesiano en el año 303, hoy quedan muy pocos rastros de la presencia de los primeros cristianos en la zona.
El emperador Constantino el Grande (307-337) instauró la paz con la Iglesia, permitiendo que el cristianismo saliera de la clandestinidad y obtuviera un estatuto jurídico privilegiado, antes reservado a los paganos.
En el siglo IV, al pie de la Colina Vaticana se comenzó a edificar lo que luego sería la Basílica de San Pedro. Según testimonios arqueológicos, allí fue enterrado el primer papa. Los pontífices medievales compraron el territorio y luego se mandó construir un puente, el Pons Aelius, para comunicarla con Roma.
Su arquitectura paisajística y edilicia fue desarrollada de acuerdo al gusto de los papas de turno. Los pontífices pasaron a ser los gobernantes de la ciudad de Roma y de las zonas circundantes.
En el año 756 este dominio fue oficialmente cedido al papa Esteban II por Pipino el Breve, monarca de los francos, como agradecimiento por haberlo nombrado rey. Sus posesiones se fueron ampliando a través de donaciones, adquisiciones y conquistas y, de esta forma, los futuros Estados Pontificios, legalmente establecidos por Carlomagno en el siglo IX, llegaron a abarcar prácticamente toda la zona central de Italia.
En el año 847, el papa León IV ordenó levantar una gran muralla, de nombre «Leonina», para defender al Vaticano de los ataques sarracenos. Esta construcción transformó la zona de San Pedro en un recinto amurallado. Protegía la gran Basílica y sus tesoros, las iglesias menores, los monasterios, las casas del clero y de acogida de peregrinos, los huertos de los residentes. Al mismo tiempo, convertía a la ciudad en un distrito sui generis.
Durante el período 1309-77, los papas residieron primariamente en Avignon, debido a las constantes disputas facciosas en Roma. Presionado por Felipe IV de Francia, el papa Clemente V mudó la capital pontificia a Avignon, que entonces pertenecía a los vasallos del papa y que en 1348 se convirtió en propiedad pontificia. Los siete papas del período fueron franceses, así como 111 de los 134 cardenales.
Luego de que Gregorio XI restableciera la capital pontificia en Roma, Clemente VII lideró a los cardenales que en 1378 declararon inválida la elección de Urbano VI y fue electo antipapa en 1378, ocupando el trono vacante en Avignon. Europa se dividió en el apoyo a ambos contendientes y, en tanto Francia favoreció a Clemente, Inglaterra apoyó a Urbano, un diferendo que continuaría en la Guerra de los Cien Años entre ambas coronas (1337-1453) y abriría el período conocido como el «Gran Cisma» (finalizado en 1417), en el que se sucedieron los nombramientos de antipapas.
La mayor parte de las anexiones al territorio del Vaticano se mantuvieron bajo poder del papado hasta 1797, año en que Napoleón Bonaparte se apoderó de este territorio, creando la República Romana.
En 1801 el papa Pío VII recuperó parte de su poder, y en 1815 el Congreso de Viena, tras la caída de Napoleón, restituyó casi todas las antiguas posesiones al papado.
En 1869 se celebró el primer Concilio Vaticano en el que se decretó el dogma de la infalibilidad del papa. Un año después, los Estados Pontificios se disolvieron definitivamente cuando Víctor Manuel II los anexó al reino unificado de Italia, incluida Roma. La jurisdicción del papado quedó reducida al Vaticano, en el que cada uno de los sucesivos pontífices permaneció como prisionero voluntario en protesta. Este encierro voluntario continuó hasta 1929 cuando, en virtud del Tratado de Letrán entre la Santa Sede y el Reino de Italia –gobernado entonces por Benito Mussolini– se reconoció la soberanía y personalidad jurídico-internacional del Estado de la Ciudad del Vaticano. Este estado se constituyó como un ente distinto a la Santa Sede (el segundo es el órgano de gobierno de la Iglesia Católica, y el primero el territorio físico sobre el que se ejerce ese gobierno). Se logró así la consolidación de la autoridad política del sumo pontífice.
A lo largo de los siglos, y especialmente durante el Renacimiento (siglo XIV-siglo XVII), el mecenazgo papal convirtió al Vaticano en uno de los más importantes centros culturales del mundo. En arquitectura destacan la Basílica de San Pedro, la Capilla Sixtina –en el Palacio Papal– decorada con frescos de Miguel Angel, Boticelli y otros artistas, y las Estancias de Rafael, así denominadas por las pinturas murales del artista.
El papa Pío XII aplicó al extremo la definición de «neutralidad» del Vaticano durante la Segunda Guerra Mundial, provocando críticas hasta la actualidad por su relación con la Alemania de Hitler y, en particular, por el conocimiento del Vaticano del Holocausto y su nula respuesta a lo que se perpetraba.
En 1982, el hallazgo, en Londres, del cadáver del banquero Roberto Calvi, determinó que el Banco Ambrosiano –importante banco del que él era único propietario– colapsara, quedando al descubierto un «agujero negro» en su balance de 1.300 millones de dólares. Una gran parte de este capital perdido fue encontrado posteriormente en cuentas pertenecientes al Banco del Vaticano. La muerte de Calvi –«el banquero de Dios»– reveló una red que incluía masonería, mafia y fraude en el Vaticano.
Los recursos económicos del Estado provienen, en su origen, de la inversión financiera de los 1.750 millones de liras que el Tratado de Letrán estableció como indemnización por los territorios perdidos en 1870, y de donaciones de todo el mundo, en especial EE.UU. y Alemania.
Durante la última década del siglo XX, numerosos escándalos por denuncias contra sacerdotes pedófilos sacudieron al Vaticano. Las víctimas recibieron un total de 119.6 millones de dólares por daños, el mayor resarcimiento otorgado en la historia en casos de abuso sexual.
En abril de 2005 Juan Pablo II –que desde hacía diez años sufría mal de Parkinson y artritis– falleció, luego de una larga agonía, por un colapso cardio-circulatorio.
Con el nombre de Benedicto XVI, asumió el cardenal alemán de 78 años Josef Ratzinger, quien había estado por décadas a la cabeza de la Congregación de la Doctrina de la Fe –sucesora de la Inquisición.
En abril de 2006, un cardenal anunció que el Vaticano estaba dispuesto a autorizar en los próximos meses el uso del condón entre católicos que padecieran enfermedades de transmisión sexual –especialmente VIH/SIDA–. Hasta entonces, el mensaje de la Iglesia había sido que la mejor prevención era la abstinencia sexual.
En setiembre el Papa ofendió gravemente al mundo islámico cuando citó la opinión de un emperador cristiano del siglo 14 de que el profeta Mohamed había traído sólo “cosas malas e inhumanas al mundo”. Aunque el Papa se disculpó pero, como consecuencia, un religioso italiano fue asesinado en Somalia y varias iglesias fueron atacadas en Palestina.
Las indemnizaciones por casos de abuso sexual contra jóvenes feligreses que debió pagar la diósesis de Washington, Estados Unidos, en enero de 2007, fue de casi 50 millones dólares. En julio, la de Los Ángeles desembolsó 660 millones que se repartieron entre las 500 víctimas de los curas pedófilos.